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- PDB-1iyf: Solution structure of ubiquitin-like domain of human parkin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iyf
タイトルSolution structure of ubiquitin-like domain of human parkin
要素parkin
キーワードLIGASE / Ubiquitin fold / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of exosomal secretion ...: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of exosomal secretion / negative regulation of glucokinase activity / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / type 2 mitophagy / Lewy body / negative regulation of actin filament bundle assembly / protein K27-linked ubiquitination / negative regulation of mitochondrial fusion / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of protein linear polyubiquitination / negative regulation by host of viral genome replication / positive regulation of mitophagy / RBR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of synaptic vesicle transport / F-box domain binding / positive regulation of mitochondrial fusion / regulation of cellular response to oxidative stress / regulation of necroptotic process / regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / dopaminergic synapse / positive regulation of dendrite extension / protein K6-linked ubiquitination / positive regulation of protein localization to membrane / autophagy of mitochondrion / norepinephrine metabolic process / cellular response to toxic substance / positive regulation of type 2 mitophagy / protein localization to mitochondrion / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / cellular response to dopamine / negative regulation of JNK cascade / mitochondrial fission / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / aggresome assembly / protein K11-linked ubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of mitochondrion organization / regulation of canonical Wnt signaling pathway / aggresome / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of mitochondrial fission / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of dopamine secretion / startle response / dopamine metabolic process / phospholipase binding / regulation of synaptic vesicle endocytosis / cullin family protein binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of glucose metabolic process / protein K63-linked ubiquitination / protein deubiquitination / protein monoubiquitination / regulation of protein ubiquitination / cellular response to manganese ion / ubiquitin ligase complex / cellular response to unfolded protein / negative regulation of insulin secretion / proteasomal protein catabolic process / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein autoubiquitination / mitophagy / ERAD pathway / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / tubulin binding / response to endoplasmic reticulum stress / regulation of mitochondrial membrane potential / adult locomotory behavior / central nervous system development / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / learning / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / mitochondrion organization / macroautophagy / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein destabilization / regulation of protein stability / beta-catenin binding / SH3 domain binding
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain ...: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / : / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Sakata, E. / Yamaguchi, Y. / Kurimoto, E. / Kikuchi, J. / Yokoyama, S. / Kawahara, H. / Yokosawa, H. / Hattori, N. / Mizuno, Y. / Tanaka, K. ...Sakata, E. / Yamaguchi, Y. / Kurimoto, E. / Kikuchi, J. / Yokoyama, S. / Kawahara, H. / Yokosawa, H. / Hattori, N. / Mizuno, Y. / Tanaka, K. / Kato, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: EMBO REP. / 年: 2003
タイトル: Parkin binds the Rpn10 subunit of 26S proteasomes through its ubiquitin-like domain
著者: Sakata, E. / Yamaguchi, Y. / Kurimoto, E. / Kikuchi, J. / Yokoyama, S. / Yamada, S. / Kawahara, H. / Yokosawa, H. / Hattori, N. / Mizuno, Y. / Tanaka, K. / Kato, K.
履歴
登録2002年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: parkin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2481
ポリマ－9,2481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 parkin


分子量: 9247.536 Da / 分子数: 1 / 断片: ubiquitin-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codonplus / 参照: UniProt: O60260, ubiquitin-protein ligase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
2322D 1H-coupled 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.1mM parkin ubiquitin-like domain U-15N, 13C; 50mM potassium phosphate buffer90% H2O/10% D2O
20.1mM parkin ubiquitin-like domain U-15N, 13C; 50mM potassium phosphate buffer90% H2O, 10% D2O, 5%-DMPC/DHPC; 90% H2O, 10% D2O, 5%-DMPC/DHPC/CTAB
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.361 atm303 K
20.361 atm310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6collection
XwinNMR2.6データ解析
XwinNMR2.6解析
CNS1.1Brunger構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 720 restraints, 489 are NOE-derived distance constraints, 82 dihedral angle restraints, 129 residual dipolar coupling constraints, 20 distance restraints for hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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