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- PDB-1ix9: Crystal Structure of the E. coli Manganase(III) superoxide dismut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ix9
タイトルCrystal Structure of the E. coli Manganase(III) superoxide dismutase mutant Y174F at 0.90 angstroms resolution.
要素Superoxide Dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE / Y174F MUTANT / HYDROGEN BOND / REACTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to selenium ion / response to acidic pH / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / antioxidant activity / removal of superoxide radicals / manganese ion binding / response to heat / response to oxidative stress ...cellular response to selenium ion / response to acidic pH / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / antioxidant activity / removal of superoxide radicals / manganese ion binding / response to heat / response to oxidative stress / protein homodimerization activity / DNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Mn]
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Anderson, B.F. / Edwards, R.A. / Whittaker, M.M. / Whittaker, J.W. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structures at 0.90 A resolution of the oxidised and reduced forms of the Y174F mutant of the manganese superoxide dismutase from Escherichia coli
著者: Anderson, B.F. / Edwards, R.A. / Whittaker, M.M. / Whittaker, J.W. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Removing a Hydrogen Bond in the Dimer Interface of Escherichia Coli Manganese Superoxide Dismutase Alters Structure and Reactivity
著者: Edwards, R.A. / Whittaker, M.M. / Whittaker, J.W. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Outer Sphere Mutations Perturb Metal Reactivity in Manganese Superoxide Dismutase
著者: Edwards, R.A. / Whittaker, M.M. / Whittaker, J.W. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
履歴
登録2002年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide Dismutase
B: Superoxide Dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0724
ポリマ－45,9622
非ポリマー1102
水16,177898
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.893, 46.017, 95.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Superoxide Dismutase / MnSOD


分子量: 22980.877 Da / 分子数: 2 / 変異: Y174F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PDT1-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): QC781 / 参照: UniProt: P00448, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 898 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16-20% PEG6000, 0.1M BICINE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月1日
放射モノクロメーター: BENT GERMANIUM SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→30 Å / Num. all: 287367 / Num. obs: 287367 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 41.5
反射 シェル解像度: 0.9→0.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 6474 / % possible all: 67.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MN-SOD FROM 1IOH

1ioh


解像度: 0.9→30 Å / Num. parameters: 39676 / Num. restraintsaints: 44548 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS No electron density is observed for a second hydrogen atom on the coordinated solvent species in either chain. Thus, the coordinated solvent ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS No electron density is observed for a second hydrogen atom on the coordinated solvent species in either chain. Thus, the coordinated solvent species is assigned as a hydroxide ion. However, a soft vibrational mode involving a putative second hydrogen atom could render this atom undetectable in difference Fourier maps. THE CLOSE CONTACTS AND POOR GEOMETRY LISTED IN REMARK 500 ARE CAUSED BY PARTIAL OCCUPANCIES AND DISORDER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1274 2940 1 %RANDOM SHELL
Rwork0.1072 ---
all0.1074 287367 --
obs0.1074 287367 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: P.C.MOEWS & R.H.KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1975)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 41 / Occupancy sum hydrogen: 2913.71 / Occupancy sum non hydrogen: 3982.07
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 6 896 4379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0144
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.095
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.088
LS精密化 シェル解像度: 0.9→0.91 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.275 --
obs-6472 67.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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