PDB-1iwn: Crystal Structure of the Outer Membrane Lipoprotein Receptor LolB...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1iwn

タイトル

Crystal Structure of the Outer Membrane Lipoprotein Receptor LolB Complexed with PEGMME2000

要素

Outer Membrane Lipoprotein LolB

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / UNCLOSED BETA BARREL / LIPOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein metabolic process / cell outer membrane / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Takeda, K. / Miyatake, H. / Yokota, N. / Matsuyama, S. / Tokuda, H. / Miki, K.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of bacterial lipoprotein localization factors, LolA and LolB.
著者: Takeda, K. / Miyatake, H. / Yokota, N. / Matsuyama, S. / Tokuda, H. / Miki, K.

履歴

登録	2002年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1iwn.cif.gz	52.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1iwn.ent.gz	36.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1iwn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1iwn_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1iwn_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	1iwn_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	1iwn_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/1iwn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/1iwn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iwlC 1iwmSC 1ua8C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c9i-3 3wjt-d 1vh0-6 4c9i-5 6uuf-2 4a84-d 5kaw-d 1iwm-1 5i8f-d 3wu6-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer Membrane Lipoprotein LolB

ヘテロ分子

21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.350, 71.350, 133.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Outer Membrane Lipoprotein LolB 分子量: 21225.721 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pYKT102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61320
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEGMME2000, sodium acetate, ammonium sulfate, sodium iodide, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	Tris-HCl	1	drop	pH8.0
3	30 %(w/v)	PEG2000MME	1	reservoir
4	0.1 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH4.6
5	0.2 M	ammonium sulfate	1	reservoir
6	0.15 M	sodium iodide	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月7日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 10647 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.9 Å² / R_sym value: 0.073
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_sym value: 0.253 / % possible all: 93.4
反射	PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / R_merge(I) obs*: 0.073
反射シェル	PLUS % possible obs: 93.4 % / R_merge(I) obs*: 0.253

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IWM (chain A)

1iwm

解像度: 2.2→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.247	558	RANDOM
R_work	0.217	-	-
obs	-	10628	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.43 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3 Å	0.26 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.22 Å	0.18 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1436	0	22	85	1543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.34 Å / R_factor R_free error: 0.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	92	-
R_work	0.232	-	-
obs	-	1617	92.3 %

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

LS精密化シェル

*PLUS

最低解像度: 2.28 Å

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)