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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uuf | ||||||
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Title | Crystal structure of a Nudix Hydrolase from M. Smegmatis, RenU | ||||||
![]() | Nudix Hydrolase, RenU | ||||||
![]() | HYDROLASE / Nudix hydrolase / NADHase / mutt3 | ||||||
Function / homology | NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / hydrolase activity / Putative mutator protein MutT3 (MutT/nudix family)![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wright, K.M. / Yoder, J. / Shoemaker, S. / Hernandez, A. / Iheanacho, A. / Marques, I. / Amzel, M.L. / Gabelli, S.B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of RenU Authors: Wright, K.M. / Yoder, J. / Shoemaker, S. / Hernandez, A. / Iheanacho, A. / Marques, I. / Amzel, M.L. / Nguyen, L. / Gabelli, S.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 74.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 53.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hhjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 17864.029 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E74A, E77A, E78A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: mutT3, MSMEI_0773 / Plasmid: pET11 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 1-1.4 M NaAc, 0.1 M BTP pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.93927 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→59.37 Å / Num. obs: 15812 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.516 / Net I/σ(I): 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.397
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3HHJ Resolution: 2.1→59.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.988 / SU ML: 0.18 / SU R Cruickshank DPI: 0.2689 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.203 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.01 Å2 / Biso mean: 43.721 Å2 / Biso min: 22.67 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→59.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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