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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ivq | ||||||
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タイトル | THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE PROTEASE FROM HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 2 WITH TWO SYNTHETIC PEPTIDIC TRANSITION STATE ANALOG INHIBITORS | ||||||
要素 | HIV-2 PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Mulichak, A.M. / Watenpaugh, K.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors. 著者: Mulichak, A.M. / Hui, J.O. / Tomasselli, A.G. / Heinrikson, R.L. / Curry, K.A. / Tomich, C.S. / Thaisrivongs, S. / Sawyer, T.K. / Watenpaugh, K.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ivq.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ivq.ent.gz | 36.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ivq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ivq_validation.pdf.gz | 458.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ivq_full_validation.pdf.gz | 472.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ivq_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ivq_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/1ivq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/1ivq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SEE REMARK 5 ABOVE. / 2: SEE REMARK 6 ABOVE. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.0412, 0.9609, -0.274), ベクター: 詳細 | THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC C(2) SYMMETRY RELATING THE TWO MONOMERS OF THE PROTEASE DIMER IS GIVEN ON THE MTRIX RECORDS BELOW. THIS TRANSFORMATION WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B WHEN APPLIED TO CHAIN A. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10712.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04584 #2: 化合物 | ChemComp-0PX / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | CVP I 3 OF THE INHIBITOR IS THE DIPEPTIDE ISOSTERE CYCLOHEXYL ALANINE PSI(CHOH-CH2)VALINE. THE ...CVP I 3 OF THE INHIBITOR IS THE DIPEPTIDE ISOSTERE CYCLOHEXYL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 5285 / % possible obs: 86 % / Num. measured all: 20722 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.186 / 最高解像度: 2.6 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.186 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.039 |