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- PDB-1ivb: STRUCTURES OF AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ivb
タイトルSTRUCTURES OF AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE
要素INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(ACETYLAMINO)-3-HYDROXY-5-NITROBENZOIC ACID / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jedrzejas, M.J. / Luo, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structures of aromatic inhibitors of influenza virus neuraminidase.
著者: Jedrzejas, M.J. / Singh, S. / Brouillette, W.J. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Luo, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure-Based Inhibitors of Influenza Viral Neuraminidase. A Benzoic Acid Lead with Novel Interaction
著者: Singh, S. / Jedrzejas, M.J. / Air, G.M. / Luo, M. / Laver, W.G. / Brouillette, W.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structure of Influenza Virus Neuraminidase B(Slash)Lee(Slash)40 Complexed with Sialic Acid and a Dehydro Analog at 1.8 Angstroms Resolution: Implications for the Catalytic Mechanism
著者: Janakiraman, M.N. / White, C.L. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Luo, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Neuraminidase of Influenza Virus A(Slash)Tokyo(Slash)3(Slash)67 at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Varghese, J.N. / Colman, P.M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Atomic Structures of N9 Subtype Influenza Virus Neuraminidase and Escape Mutants
著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Baker, A.T. / Van Donkelaar, A. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M.
履歴
登録1994年12月12日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0025
ポリマ－43,4601
非ポリマー5424
水00
1
A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,00820
ポリマ－173,8414
非ポリマー2,16616
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area18500 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area46240 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.540, 124.540, 71.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 139 / 2: CIS PROLINE - PRO 326
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CA

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要素

#1: タンパク質 INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE


分子量: 43460.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus B / 参照: UniProt: P03474, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ST1 / 4-(ACETYLAMINO)-3-HYDROXY-5-NITROBENZOIC ACID


分子量: 240.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N2O6
非ポリマーの詳細TWO CALCIUMS ATOMS ARE INCLUDED IN THE REFINED STRUCTURE. CA 500 STABILIZES A LOOP NEAR THE ...TWO CALCIUMS ATOMS ARE INCLUDED IN THE REFINED STRUCTURE. CA 500 STABILIZES A LOOP NEAR THE NEURAMINIDASE ACTIVE SITE, WHILE CA 501 IS LOCATED ON THE CRYSTALLOGRAPHIC/NEURAMINIDASE TETRAMER FOUR-FOLD AXIS. THE EQUATORIAL PHOSPHONATE INHIBITOR IS RESIDUE EQP 500.
由来についての詳細MOLECULE_NAME: BANA105 SYNTHETIC. SEE SINGH ET AL. (SUBMITTED TO J. MED CHEM.) AND JEDRZEJAS ET AL. ...MOLECULE_NAME: BANA105 SYNTHETIC. SEE SINGH ET AL. (SUBMITTED TO J. MED CHEM.) AND JEDRZEJAS ET AL. (ACCEPTED BY BIOCHEMISTRY, 1994) FOR SYNTHESIS INFORMATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化詳細: NATIVE CRYSTALS SOAKED IN 5MM BANA105 SOLUTION, PH 7.4.
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 56 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lin, Y., (1990) J. Mol. Biol., 214, 639.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %(v/v)PEG40001drop
20.01 MHEPES1drop
310 mM1dropNaNO3
42.5 mM1dropCaCl2
520 %(v/v)PEG40001reservoir
60.02 MHEPES1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 15271 / Observed criterion σ(I): 1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.104

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→6.5 Å / σ(F): 4 /
Rfactor反射数
Rwork0.189 -
obs0.189 14129
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3040 0 33 0 3073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.142
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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