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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ivb | ||||||
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タイトル | STRUCTURES OF AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE | ||||||
![]() | INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Jedrzejas, M.J. / Luo, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of aromatic inhibitors of influenza virus neuraminidase. 著者: Jedrzejas, M.J. / Singh, S. / Brouillette, W.J. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Luo, M. #1: ![]() タイトル: Structure-Based Inhibitors of Influenza Viral Neuraminidase. A Benzoic Acid Lead with Novel Interaction 著者: Singh, S. / Jedrzejas, M.J. / Air, G.M. / Luo, M. / Laver, W.G. / Brouillette, W.J. #2: ![]() タイトル: Structure of Influenza Virus Neuraminidase B(Slash)Lee(Slash)40 Complexed with Sialic Acid and a Dehydro Analog at 1.8 Angstroms Resolution: Implications for the Catalytic Mechanism 著者: Janakiraman, M.N. / White, C.L. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Luo, M. #3: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Neuraminidase of Influenza Virus A(Slash)Tokyo(Slash)3(Slash)67 at 2.2 Angstroms Resolution 著者: Varghese, J.N. / Colman, P.M. #4: ![]() タイトル: Refined Atomic Structures of N9 Subtype Influenza Virus Neuraminidase and Escape Mutants 著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Baker, A.T. / Van Donkelaar, A. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 139 / 2: CIS PROLINE - PRO 326 | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43460.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Influenzavirus B / 参照: UniProt: P03474, exo-alpha-sialidase | ||||||||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / | ||||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ST1 / | Has protein modification | Y | 非ポリマーの詳細 | TWO CALCIUMS ATOMS ARE INCLUDED IN THE REFINED STRUCTURE. CA 500 STABILIZES A LOOP NEAR THE ...TWO CALCIUMS ATOMS ARE INCLUDED IN THE REFINED STRUCTURE. CA 500 STABILIZES | 由来についての詳細 | MOLECULE_NAME: BANA105 SYNTHETIC. SEE SINGH ET AL. (SUBMITTED TO J. MED CHEM.) AND JEDRZEJAS ET AL. ...MOLECULE_NAME: BANA105 SYNTHETIC. SEE SINGH ET AL. (SUBMITTED TO J. MED CHEM.) AND JEDRZEJAS ET AL. (ACCEPTED BY BIOCHEMIST | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: NATIVE CRYSTALS SOAKED IN 5MM BANA105 SOLUTION, PH 7.4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lin, Y., (1990) J. Mol. Biol., 214, 639. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 15271 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.104 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→6.5 Å / σ(F): 4 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→6.5 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.142 |