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万見
- PDB-1iu4: Crystal Structure Analysis of the Microbial Transglutaminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iu4
タイトルCrystal Structure Analysis of the Microbial Transglutaminase
要素microbial transglutaminase
キーワードTRANSFERASE / ALPHA-BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Microbial transglutaminase. Chain: a / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase superfamily / Microbial transglutaminase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces mobaraensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kashiwagi, T. / Yokoyama, K. / Ishikawa, K. / Ono, K. / Ejima, D. / Matsui, H. / Suzuki, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of microbial transglutaminase from Streptoverticillium mobaraense
著者: Kashiwagi, T. / Yokoyama, K. / Ishikawa, K. / Ono, K. / Ejima, D. / Matsui, H. / Suzuki, E.
履歴
登録2002年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: microbial transglutaminase
B: microbial transglutaminase
C: microbial transglutaminase
D: microbial transglutaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,6744
ポリマ－151,6744
非ポリマー00
水9,908550
1
A: microbial transglutaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9181
ポリマ－37,9181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: microbial transglutaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9181
ポリマ－37,9181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: microbial transglutaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9181
ポリマ－37,9181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: microbial transglutaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9181
ポリマ－37,9181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.410, 117.120, 85.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The protein acts as a monomer.

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要素

#1: タンパク質
microbial transglutaminase


分子量: 37918.414 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-331 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces mobaraensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P81453, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG1000, calcium chloride, cacodylate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 %(w/v)PEG10001reservoir
2100 mMcacodylate-HCl1reservoirpH5.0
325 mM1reservoirCaCl2
415 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月2日
放射モノクロメーター: Si(111) (Joham type) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 187008 / Num. obs: 55351 / % possible obs: 0.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.38 % / Biso Wilson estimate: 26.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.13 / % possible all: 0.921
反射
*PLUS
% possible obs: 0.98 % / Num. measured all: 187008 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→40 Å / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: standard set of QUANTA release98 (MSI)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2662 2752 -random
Rwork0.1991 ---
all0.2046 55351 --
obs0.2026 54496 96.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10712 0 0 550 11262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.655
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.029
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.613
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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