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万見
- PDB-1isr: Crystal Structure of Metabotropic Glutamate Receptor Subtype 1 Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1isr
タイトルCrystal Structure of Metabotropic Glutamate Receptor Subtype 1 Complexed with Glutamate and Gadolinium Ion
要素Metabotropic Glutamate Receptor subtype 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION / NEUROTRANSMITTER / G PROTEIN COUPLED RECEPTOR / AGONIST / GADOLINIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


PLC activating G protein-coupled glutamate receptor activity / dendriole / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor dimeric complex / G protein-coupled receptor homodimeric complex / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic signaling via neuropeptide / Neurexins and neuroligins ...PLC activating G protein-coupled glutamate receptor activity / dendriole / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor dimeric complex / G protein-coupled receptor homodimeric complex / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic signaling via neuropeptide / Neurexins and neuroligins / cellular response to electrical stimulus / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / regulation of sensory perception of pain / L-glutamate import across plasma membrane / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / G alpha (q) signalling events / regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, GABAergic / membrane depolarization / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / sensory perception of pain / nuclear estrogen receptor binding / locomotory behavior / calcium-mediated signaling / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / positive regulation of MAPK cascade / postsynaptic density / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 1 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 1 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / GLUTAMIC ACID / Metabotropic glutamate receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Tsuchiya, D. / Kunishima, N. / Kamiya, N. / Jingami, H. / Morikawa, K.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Structural views of the ligand-binding cores of a metabotropic glutamate receptor complexed with an antagonist and both glutamate and Gd3+.
著者: Tsuchiya, D. / Kunishima, N. / Kamiya, N. / Jingami, H. / Morikawa, K.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structural Basis of Glutamate Recognition by a Dimeric Metabotropic Glutamate Receptor
著者: Kunishima, N. / Shimada, Y. / Tsuji, Y. / Sato, T. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. / Nakanishi, S. / Jingami, H. / Morikawa, K.
履歴
登録2001年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic Glutamate Receptor subtype 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7204
ポリマ－55,2591
非ポリマー4623
水00
1
A: Metabotropic Glutamate Receptor subtype 1
ヘテロ分子

A: Metabotropic Glutamate Receptor subtype 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4418
ポリマ－110,5172
非ポリマー9236
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+4/31
単位格子
Length a, b, c (Å)145.348, 145.348, 76.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

GD

詳細The biological dimer is generated by the two fold axis: x-y,-y,4/3-z

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic Glutamate Receptor subtype 1


分子量: 55258.707 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR LIGAND BINDING REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P23385
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, HEPES, L-glutamate, gadolinium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Kunishima, N., (2000) Nature, 407, 971.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.2 MHEPES1reservoirpH7.5
220 %PEG40001reservoir
31 mML-glutamate1reservoir
40.5 mM1reservoirGdCl3

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→30 Å / Num. all: 5935 / Num. obs: 5935 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101
反射 シェル解像度: 4→4.2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 440 / % possible all: 90.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 4 Å / 最低解像度: 4.2 Å / % possible obs: 75.6 % / Rmerge(I) obs: 0.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CHAIN A of PDB ENTRY 1EWK

1ewk


解像度: 4→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 552 7.69 %RANDOM
Rwork0.237 ---
all0.238 7182 --
obs0.238 7182 89.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.142 Å2-9.935 Å20 Å2
2---2.142 Å20 Å2
3---4.284 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.46 Å
Luzzati d res low-0.46 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3560 0 12 0 3572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.925
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.62
LS精密化 シェル解像度: 4→4.13 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 57 -
Rwork0.277 --
obs-527 81.6 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 4 Å / 最低解像度: 12 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.003
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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