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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1isp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus subtilis lipase at 1.3A resolution | ||||||
要素 | lipase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kawasaki, K. / Kondo, H. / Suzuki, M. / Ohgiya, S. / Tsuda, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Alternate conformations observed in catalytic serine of Bacillus subtilis lipase determined at 1.3 A resolution. 著者: Kawasaki, K. / Kondo, H. / Suzuki, M. / Ohgiya, S. / Tsuda, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1isp.cif.gz | 48.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1isp.ent.gz | 34.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1isp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1isp_validation.pdf.gz | 436.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1isp_full_validation.pdf.gz | 438.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1isp_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1isp_validation.cif.gz | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1isp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19382.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: lipA / プラスミド: pWSL1 / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア) / 株 (発現宿主): WH320 / 参照: UniProt: P37957, triacylglycerol lipase |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: PEG 8000, glycerol, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUAMTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月7日 / 詳細: BENT PLANE FUSED QUARTZ |
放射 | モノクロメーター: Bent Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→20 Å / Num. all: 44447 / Num. obs: 44447 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5209 / % possible all: 79.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 169453 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
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拘束条件 | タイプ: s_bond_d / Dev ideal: 0.029 | |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.265 |