[日本語] English
万見
- PDB-1irs: IRS-1 PTB DOMAIN COMPLEXED WITH A IL-4 RECEPTOR PHOSPHOPEPTIDE, N... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1irs
タイトルIRS-1 PTB DOMAIN COMPLEXED WITH A IL-4 RECEPTOR PHOSPHOPEPTIDE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
  • IL-4 RECEPTOR PHOSPHOPEPTIDE
  • IRS-1
キーワードCOMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION/PEPTIDE) / PHOSPHOTYROSINE BINDING DOMAIN (PTB) / COMPLEX / SIGNAL TRANSDUCTION / COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION-PEPTIDE) / COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-4 receptor activity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / IRS-related events triggered by IGF1R / positive regulation of glucose metabolic process / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of mast cell degranulation ...interleukin-4 receptor activity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / IRS-related events triggered by IGF1R / positive regulation of glucose metabolic process / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of mast cell degranulation / IRS-mediated signalling / insulin receptor complex / Activated NTRK3 signals through PI3K / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / positive regulation of macrophage activation / Signaling by Leptin / cellular response to fatty acid / cytokine receptor activity / Signaling by LTK / PI3K/AKT activation / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of myoblast fusion / Signaling by ALK / IRS activation / defense response to protozoan / immunoglobulin mediated immune response / PI3K Cascade / SOS-mediated signalling / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Signal attenuation / Growth hormone receptor signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of chemokine production / insulin-like growth factor receptor binding / signaling adaptor activity / phosphotyrosine residue binding / Interleukin-7 signaling / SH2 domain binding / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / protein kinase C binding / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of insulin secretion / response to insulin / cytokine-mediated signaling pathway / caveola / centriolar satellite / cellular response to insulin stimulus / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / PIP3 activates AKT signaling / signaling receptor complex adaptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / immune response / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Insulin receptor substrate / Phosphotyrosine-binding domain (IRS1-like) / IRS-type PTB domain profile. / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) ...Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Insulin receptor substrate / Phosphotyrosine-binding domain (IRS1-like) / IRS-type PTB domain profile. / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-4 receptor subunit alpha / Insulin receptor substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Zhou, M.-M. / Huang, B. / Olejniczak, E.T. / Meadows, R.P. / Shuker, S.B. / Miyazaki, M. / Trub, T. / Shoelson, S.E. / Feisk, S.W.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Structural basis for IL-4 receptor phosphopeptide recognition by the IRS-1 PTB domain.
著者: Zhou, M.M. / Huang, B. / Olejniczak, E.T. / Meadows, R.P. / Shuker, S.B. / Miyazaki, M. / Trub, T. / Shoelson, S.E. / Fesik, S.W.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Ptb Domains of Irs-1 and Shc Have Distinct But Overlapping Binding Specificities
著者: Wolf, G. / Trub, T. / Ottinger, E. / Groninga, L. / Lynch, A. / White, M.F. / Miyazaki, M. / Lee, J. / Shoelson, S.E.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structure and Ligand Recognition of the Phosphotyrosine Binding Domain of Shc
著者: Zhou, M.M. / Ravichandran, K.S. / Olejniczak, E.F. / Petros, A.M. / Meadows, R.P. / Sattler, M. / Harlan, J.E. / Wade, W.S. / Burakoff, S.J. / Fesik, S.W.
#3: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1994
タイトル: Characterization of an Interaction between Insulin Receptor Substrate 1 and the Insulin Receptor by Using the Two-Hybrid System
著者: O'Neill, T.J. / Craparo, A. / Gustafson, T.A.
履歴
登録1996年3月22日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: IRS-1
B: IL-4 RECEPTOR PHOSPHOPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8902
ポリマ－13,8902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 IRS-1 / INSULIN RECEPTOR SUBSTRATE 1


分子量: 12648.737 Da / 分子数: 1 / 断片: PTB DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21 (DE2) PLYSS / 細胞株: BL21 / 遺伝子: PTB DOMAIN OF IRS-1 / 器官: SKELETAL / プラスミド: PET30B / 遺伝子 (発現宿主): PTB DOMAIN OF IRS-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35568
#2: タンパク質・ペプチド IL-4 RECEPTOR PHOSPHOPEPTIDE


分子量: 1241.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24394
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR

-
試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: SET OF IDEAL BOND LENGTHS AND ANGLES USED DURING REFINEMENT: PARALLHDG.PRO IN X-PLOR.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る