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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ire | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Co-type nitrile hydratase from Pseudonocardia thermophila | ||||||
![]() | (Nitrile Hydratase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrile catabolic process / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miyanaga, A. / Fushinobu, S. / Ito, K. / Wakagi, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of cobalt-containing nitrile hydratase. 著者: Miyanaga, A. / Fushinobu, S. / Ito, K. / Wakagi, T. #1: ![]() タイトル: Cloning and Sequencing of a Nitrile Hydratase Gene from Pseudonocardia thermophila JCM3095 著者: Yamaki, T. / Oikawa, T. / Ito, K. / Nakamura, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ahjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a (alpha/beta)2 generated from the heterodimer in the asymmetric unit by the operation: x, y, -z. |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 23219.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pUC18 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 26170.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pUC18 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: sodium citrate, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→28.03 Å / Num. all: 431214 / Num. obs: 431183 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6251 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 43623 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 431214 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.331 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2AHJ 解像度: 1.8→28.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1965839.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.6635 Å2 / ksol: 0.38989 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.21 |