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万見
- PDB-1ir6: Crystal structure of exonuclease RecJ bound to manganese -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ir6
タイトルCrystal structure of exonuclease RecJ bound to manganese
要素exonuclease RecJ
キーワードHYDROLASE / manganese / DNA repair / DNA recombination / nuclease / single-stranded DNA / two domains interconnected by alpha-helix / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ C-terminal domain / RecJ, OB domain / RecJ OB domain / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) - #30 / : / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain ...: / Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ C-terminal domain / RecJ, OB domain / RecJ OB domain / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) - #30 / : / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ / Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / single-wavelength anomalous dispersion / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yamagata, A. / Kakuta, Y. / Masui, R. / Fukuyama, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of exonuclease RecJ bound to Mn2+ ion suggests how its characteristic motifs are involved in exonuclease activity.
著者: Yamagata, A. / Kakuta, Y. / Masui, R. / Fukuyama, K.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2001
タイトル: Overexpression, purification and characterization of RecJ protein from Thermus thermophilus HB8 and its core domain
著者: Yamagata, A. / Masui, R. / Kakuta, Y. / Kuramitsu, S. / Fukuyama, K.
履歴
登録2001年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THERE ARE 2 DIFFERENCES BETWEEN THE DEPOSITORS DATA AND THE GENETIC SEQUENCE(S) IN THE ...SEQUENCE THERE ARE 2 DIFFERENCES BETWEEN THE DEPOSITORS DATA AND THE GENETIC SEQUENCE(S) IN THE 14595119 ENTRY. THERE IS NO QUESTION FROM THE ELECTRON DENSITY THAT these residues are not database sequence.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exonuclease RecJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9522
ポリマ－45,8971
非ポリマー551
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.600, 141.600, 141.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 exonuclease RecJ / single-stranded DNA specific exonuclease RecJ


分子量: 45896.973 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93R48, UniProt: Q5SJ47*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: ammonium sulfate, sodium/potassium tartrate, sodium citrate, glycerol, manganese chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.0 Mammonium sulfate1reservoir
20.2 Msodium potassium tartrate1reservoir
350 mMsodium citrate1reservoir
410 %glycerol1reservoirpH5.8
510 mg/mlprotein1drop
620 mMTris-HCl1drop
7100 mM1dropNaCl
80.1 mMEDTA1drop
910 %glycerol1droppH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月27日
放射モノクロメーター: Si(111) double monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→57.808 Å / Num. all: 21198 / Num. obs: 21198 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.049
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rsym value: 0.279 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 60 Å / Num. measured all: 584147 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.279

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: single-wavelength anomalous dispersion
解像度: 2.9→19.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 418520.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1008 4.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.228 20777 --
obs0.228 20777 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.0741 Å2 / ksol: 0.326039 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2919 0 1 0 2920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 147 4.5 %
Rwork0.362 3145 -
obs--94.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.39 / Rfactor Rwork: 0.362 / Rfactor obs: 0.362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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