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万見
- PDB-1iqs: Minimized average structure of MTH1880 from Methanobacterium Ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iqs
タイトルMinimized average structure of MTH1880 from Methanobacterium Thermoautotrophicum
要素MTH1880
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / alpha-beta / anti-parallel
機能・相同性Hypothetical protein MTH1880 / Protein of unknown function DUF749 / Uncharacterised conserved protein UCP005648, calcium-binding / Hypothetical protein MTH1880 / Domain of unknown function (DUF749) / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Conserved protein
機能・相同性情報
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Lee, C.H. / Shin, J. / Bang, E. / Jung, J.W. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Lee, W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of a novel calcium binding protein, MTH1880, from Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Lee, C.H. / Jung, J.W. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Lee, W.
履歴
登録2001年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MTH1880


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9601
ポリマ－9,9601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1This model is the minimized average structure from 20 structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 MTH1880 / conserved protein


分子量: 9960.412 Da / 分子数: 1 / 変異: M1L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
プラスミド: pET13b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: O27908

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
132HNHA
1432D 15N HSQC for H/D exchange
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM MTH1880 U-15N,13C; 25mM phosphate buffer, 300mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22mM MTH1880 U-15N; 25mM phosphate buffer, 300mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM MTH1880 U-15N; 25mM phosphate buffer, 300mM NaCl; 100% D2O100% D2O
試料状態pH: 7.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker Inc.collection
VNMR6.1BVarian Inc.collection
NMRPipe1.8Delaglio解析
Sparky3.98Jamesデータ解析
CNS1Brunger精密化
Insight II2000MSI Inc.構造決定
MOLMOL2.6.0Wuthrich構造決定
精密化手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 762 restraints, 669 are NOE-derived distance constraints, 39 dihedral angle restraints,54 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: This model is the minimized average structure from 20 structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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