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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iqc | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Di-Heme Peroxidase from Nitrosomonas europaea | |||||||||
![]() | di-heme peroxidase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Di-Heme Peroxidase / Nitrosomonas europaea / Proteobacteria / beta subdivision / Ammonia-oxidizing bacteria | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shimizu, H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Nitrosomonas europaea cytochrome c peroxidase and the structural basis for ligand switching in bacterial di-heme peroxidases 著者: Shimizu, H. / Schuller, D.J. / Lanzilotta, W.N. / Sundaramoorthy, M. / Arciero, D.M. / Hooper, A.B. / Poulos, T.L. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Cytochrome C553 Peroxidase from Nitrosomonas europaea 著者: Pappa, H. / Li, H. / Sundaramoorthy, M. / Arciero, D. / Hooper, A. / Poulos, T.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 275.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 222.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 34019.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 874分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HEC / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG8000, MgCl2, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Pappa, H., (1996) J.STRUCT.BIOL., 116, 429. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月15日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 393924 / Num. obs: 119903 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 14974 / % possible all: 89.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 393924 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.222 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Rfactor Rfree: 0.306 / Rfactor Rwork: 0.257 |