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- PDB-1ipj: CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT AND NATIVE SOYBEAN BETA-CONGLYC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ipj
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT AND NATIVE SOYBEAN BETA-CONGLYCININ BETA HOMOTRIMERS COMPLEXES WITH N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
要素BETA-CONGLYCININ, BETA CHAIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / soybean / storage protein / vicilin
機能・相同性
機能・相同性情報


aleurone grain / protein storage vacuole / nutrient reservoir activity / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Cupin / Cupin 1 / Cupin / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-conglycinin beta subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Maruyama, N. / Adachi, M. / Takahashi, K. / Yagasaki, K. / Kohno, M. / Takenaka, Y. / Okuda, E. / Nakagawa, S. / Mikami, B. / Utsumi, S.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of recombinant and native soybean beta-conglycinin beta homotrimers.
著者: Maruyama, N. / Adachi, M. / Takahashi, K. / Yagasaki, K. / Kohno, M. / Takenaka, Y. / Okuda, E. / Nakagawa, S. / Mikami, B. / Utsumi, S.
履歴
登録2001年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-CONGLYCININ, BETA CHAIN
B: BETA-CONGLYCININ, BETA CHAIN
C: BETA-CONGLYCININ, BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,5606
ポリマ－143,8963
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15710 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area40930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.78, 69.47, 125.33
Angle α, β, γ (deg.)90, 97.22, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BETA-CONGLYCININ, BETA CHAIN


分子量: 47965.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glycine max (ダイズ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P25974
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PEG6000, citrate buffer, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1droppH5.5
30.4 M1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
51 mMPMSF1drop
60.02 %1dropNaN3
70.4 M1reservoirNaCl
81 mMEDTA1reservoir
91 mMPMSF1reservoir
100.02 %1reservoirNaN3
117 %PEG100001reservoir
12100 mMMES1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.8 Å / Num. all: 33726 / Num. obs: 72174 / % possible obs: 94.37 % / 冗長度: 2.14 % / Rsym value: 0.055
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 33726 / Num. measured all: 72174 / Rmerge(I) obs: 0.051

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
FRAMBOデータ収集
SAINTデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
SAINTデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→7 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.284 -RANDOM
Rwork0.202 --
obs-20997 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8839 0 42 0 8881
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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