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- PDB-1iom: CRYSTAL STRUCTURE OF CITRATE SYNTHASE FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iom
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CITRATE SYNTHASE FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8
要素CITRATE SYNTHASE
キーワードLYASE / Open Form / synthase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily ...2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Citrate synthase / Citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kanamori, E. / Kouyama, T. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Biophys Physicobio. / 年: 2015
タイトル: Structural comparison between the open and closed forms of citrate synthase from Thermus thermophilus HB8.
著者: Kanamori, E. / Kawaguchi, S. / Kuramitsu, S. / Kouyama, T. / Murakami, M.
履歴
登録2001年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42015年11月4日Group: Database references
改定 1.52020年1月1日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.62023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7956
ポリマ－42,3621
非ポリマー4325
水8,449469
1
A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,59012
ポリマ－84,7252
非ポリマー86510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.55, 84.55, 153.52
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1262-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: y, x, -z.

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要素

#1: タンパク質 CITRATE SYNTHASE


分子量: 42362.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSE / 参照: UniProt: Q9LCX9, UniProt: Q5SIM6*PLUS, EC: 4.1.3.7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: lithium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44B210.7
シンクロトロンSPring-8 BL41XU2
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1999年12月9日
22000年11月19日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 86558 / Num. obs: 86558 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 12907 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AJ8

1aj8


解像度: 1.5→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 8685 10 %RANDOM
Rwork0.172 ---
all0.172 86558 --
obs0.172 86558 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2929 0 27 469 3425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.006
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 1392 -
Rwork0.186 --
obs-14648 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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