[日本語] English
- PDB-1imx: 1.8 Angstrom crystal structure of IGF-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1imx
タイトル1.8 Angstrom crystal structure of IGF-1
要素Insulin-like Growth Factor 1A
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / insulin/relaxin / detergent / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / type II pneumocyte differentiation / neuronal dense core vesicle lumen / glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / regulation of establishment or maintenance of cell polarity ...prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / type II pneumocyte differentiation / neuronal dense core vesicle lumen / glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / chondroitin sulfate proteoglycan biosynthetic process / proteoglycan biosynthetic process / myotube cell development / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / negative regulation of neuroinflammatory response / lung vasculature development / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / IRS-related events triggered by IGF1R / cerebellar granule cell precursor proliferation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of myoblast proliferation / exocytic vesicle / lung lobe morphogenesis / positive regulation of myelination / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / glial cell differentiation / cell activation / prostate gland growth / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / type B pancreatic cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / mammary gland development / exocrine pancreas development / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / regulation of nitric oxide biosynthetic process / myoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell migration / growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / negative regulation of interleukin-1 beta production / lung alveolus development / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / muscle organ development / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of activated T cell proliferation / inner ear development / androgen receptor signaling pathway / myoblast proliferation / blood vessel remodeling / negative regulation of tumor necrosis factor production / epithelial to mesenchymal transition / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycogen biosynthetic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of osteoblast differentiation / SHC-related events triggered by IGF1R / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / insulin-like growth factor receptor binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of mitotic nuclear division / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / platelet alpha granule lumen / positive regulation of glycolytic process / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to glucose stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / growth factor activity / wound healing / hormone activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / multicellular organism growth / circadian rhythm / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / cellular response to amyloid-beta / osteoblast differentiation / integrin binding / insulin receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. ...Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Insulin-like growth factor 1 / Insulin-like growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Vajdos, F.F. / Ultsch, M. / Schaffer, M.L. / Deshayes, K.D. / Liu, J. / Skelton, N.J. / de Vos, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2001
タイトル: Crystal structure of human insulin-like growth factor-1: detergent binding inhibits binding protein interactions.
著者: Vajdos, F.F. / Ultsch, M. / Schaffer, M.L. / Deshayes, K.D. / Liu, J. / Skelton, N.J. / de Vos, A.M.
履歴
登録2001年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Insulin-like Growth Factor 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6063
ポリマ-7,6641
非ポリマー9422
84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.831, 71.055, 65.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Insulin-like Growth Factor 1A / IGF-1


分子量: 7663.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01343, UniProt: P05019*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Br
#3: 化合物 ChemComp-CPQ / N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE / DEOXY-BIGCHAP / デオキシBiGCHAP


分子量: 862.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C42H75N3O15 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, deoxy big CHAPS, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.15 M1dropNaCl
220 mMsodium acetate1drop
310 mg/mlprotein1drop
424 %PEG33501reservoir
50.1 Msodium cacodylate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9197, 1.5406, 0.9199, 0.8610
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月4日
放射モノクロメーター: double-crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91971
21.54061
30.91991
40.8611
反射解像度: 1.82→20 Å / Num. all: 6982 / Num. obs: 6871 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
% possible obs: 98.2 % / Num. measured all: 44573
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.29

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNX2000精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.82→19 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 864194.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 558 8.1 %RANDOM
Rwork0.245 ---
all-7015 --
obs-6871 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.68 Å20 Å20 Å2
2---1.65 Å20 Å2
3---5.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数431 0 61 47 539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.212.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 54 6.1 %
Rwork0.274 825 -
obs--74.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DBC.PARDBC.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNX2000 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8.1 % / Rfactor obs: 0.245
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.054
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.335 / % reflection Rfree: 6.1 % / Rfactor Rwork: 0.274

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る