PDB-1imw: Peptide Antagonist of IGFBP-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1imw

タイトル

Peptide Antagonist of IGFBP-1

要素

IGFBP-1 antagonist

キーワード

ANTAGONIST / loop-turn-helix / DE NOVO PROTEIN

手法

溶液NMR / restrained molecular dynamics

データ登録者

Lowman, H.B. / Chen, Y.M. / Skelton, N.J. / Mortensen, D.L. / Tomlinson, E.E. / Sadick, M.D. / Robinson, I.C. / Clark, R.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structure-function analysis of a phage display-derived peptide that binds to insulin-like growth factor binding protein 1.
著者: Skelton, N.J. / Chen, Y.M. / Dubree, N. / Quan, C. / Jackson, D.Y. / Cochran, A. / Zobel, K. / Deshayes, K. / Baca, M. / Pisabarro, M.T. / Lowman, H.B.

履歴

登録	2001年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1imw.cif.gz	88.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1imw.ent.gz	60.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1imw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1imw_validation.pdf.gz	340.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1imw_full_validation.pdf.gz	378.7 KB	表示
XML形式データ	1imw_validation.xml.gz	5.9 KB	表示
CIF形式データ	1imw_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1imw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1imw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gjeC 1gjfC 1gjgC 1in2C 1in3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6b17-2 1lb7-d 1jaa-d 7ccn-d 5ui6-d 1mxp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IGFBP-1 antagonist

1.77 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	IGFBP-1 antagonist 分子量: 1771.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. It is a novel sequence derived from phage-display selection.
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D-ROESY
1	2	1	DQF-COSY
2	3	2	2D-ROESY
2	4	2	COSY-35

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	6.7 mM peptide	93% H2O/7% D2O
2	6.7 mM peptide	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0	5.3	1 atm	303 K
2	0	5.3	1 atm	303 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DGII	970	Havel	精密化
Discover	970	MSI/biosym	精密化

精密化

手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were detemined on the basis of 149 NOE distance restraints and 15 dihedral angle restraints. The resulting ensemble had no restraint violations greater than 0.07 Angstroms or 1. ...

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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