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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ilz | ||||||
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タイトル | OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A FROM ESCHERICHIA COLI N156A ACTIVE SITE MUTANT pH 6.1 | ||||||
要素 | OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / MEMBRANE PROTEIN / ANTI-PARALLEL BETA BARREL / MEMBRANE PHOSPHOLIPASE / SERINE HYDROLASE / CATALYTIC TRIAD / ASN ALA MUTATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase activity / phosphatidylglycerol metabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process ...phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase activity / phosphatidylglycerol metabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / lipid catabolic process / cell outer membrane / calcium ion binding / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Snijder, H.J. / Van Eerde, J.H. / Kingma, R.L. / Kalk, K.H. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001 タイトル: Structural investigations of the active-site mutant Asn156Ala of outer membrane phospholipase A: function of the Asn-His interaction in the catalytic triad. 著者: Snijder, H.J. / Van Eerde, J.H. / Kingma, R.L. / Kalk, K.H. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Structural Evidence for Dimerization-Regulated Activation of an Integral Membrane Phospholipase 著者: Snijder, H.J. / Ubarretxena-Belandia, I. / Blaauw, M. / Kalk, K.H. / Verheij, H.M. / Egmond, M.R. / Dekker, N. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Outer Membrane Phospholipase A from Escherichia Coli 著者: Blaauw, M. / Dekker, N. / Verheij, H.M. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN ATOMS C5'-C8' OF BOG 503 LACK INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY. ATOMS C3'-C8' OF BOG 504 ...HETEROGEN ATOMS C5'-C8' OF BOG 503 LACK INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY. ATOMS C3'-C8' OF BOG 504 HAVE MISSING ELECTRON DENSITY. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ilz.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ilz.ent.gz | 50.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ilz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ilz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ilz_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ilz_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ilz_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/1ilz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/1ilz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31493.852 Da / 分子数: 1 / 変異: N156A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pldA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A921, phospholipase A1 | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-BOG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: MPD, calcium chloride, bis-tris buffer, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→31 Å / Num. all: 12728 / Num. obs: 150605 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 39.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Num. unique all: 611 / Rsym value: 0.113 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 31 Å / Num. obs: 12728 / Num. measured all: 150605 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.1 % / Num. unique obs: 611 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Starting model 1QD5 with the active site residues truncated to ala and all waters and detergent molecules removed. All remaining atoms have been given a random shift of almost 0.5 ...開始モデル: Starting model 1QD5 with the active site residues truncated to ala and all waters and detergent molecules removed. All remaining atoms have been given a random shift of almost 0.5 Angstrom in all directions. 解像度: 2.5→31 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Bulk solvent correction was applied as implemented in CNS bulk solvent: density level= 0.379342 e/A^3, B-factor= 52.8672 A^2
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→31 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 31 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor obs: 0.222 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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