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万見
- PDB-1ilc: DNA Bending by an Adenine-Thymine Tract and Its Role in Gene Regu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ilc
タイトルDNA Bending by an Adenine-Thymine Tract and Its Role in Gene Regulation.
要素5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
キーワードDNA / B-DNA DOUBLE HELIX / DODECAMER DUPLEX / HPV E2 DNA TARGET
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hizver, J. / Rozenberg, H. / Frolow, F. / Rabinovich, D. / Shakked, Z.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: DNA bending by an adenine--thymine tract and its role in gene regulation.
著者: Hizver, J. / Rozenberg, H. / Frolow, F. / Rabinovich, D. / Shakked, Z.
履歴
登録2001年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9746
ポリマ－21,9746
非ポリマー00
水2,054114
1
A: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3252
ポリマ－7,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3252
ポリマ－7,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3252
ポリマ－7,3252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.821, 40.160, 39.460
Angle α, β, γ (deg.)74.42, 76.44, 59.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*T)-3'


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Human papillomavirus E2 DNA target
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, magnesium chloride, spermine.4HCl, Na cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Mg2Cl11
3spermine.4HCl11
4Na cacodylate11
5MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
12 mg/mlDNA1drop
276 mM1dropMgCl2
31 mMspermine-4HCl1drop
420 mMsodium cacodylate1droppH7.0
515 %(w/v)1drop
637 %(w/v)MPD1reservoir
720 mMsodium cacodylate1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月10日 / 詳細: Yale-type mirrors
放射モノクロメーター: Ni filter + Yale-type mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19 Å / Num. all: 9810 / Num. obs: 9810 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 491 / Rsym value: 0.654 / % possible all: 95
反射
*PLUS
Num. measured all: 36389 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.564

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MFTモデル構築
ULTIMAモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MFT位相決定
ULTIMA位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Fiber model of B-DNA

解像度: 2.2→19 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Parkinson et al.
詳細: REFINEMENT STARTED WITH X-PLOR 3.1 USING B-DNA FIBER MODEL ALL DATA INCLUDED. REFINEMENT CONTINUED IN SHELXL-97 WITH THE OPTION HOPE FOR ANISOTROPIC SCALING TO CORRECT SIGNIFICANT ANISOTROPY ...詳細: REFINEMENT STARTED WITH X-PLOR 3.1 USING B-DNA FIBER MODEL ALL DATA INCLUDED. REFINEMENT CONTINUED IN SHELXL-97 WITH THE OPTION HOPE FOR ANISOTROPIC SCALING TO CORRECT SIGNIFICANT ANISOTROPY IN THE DATA. THE CORRECTED OBSERVED STRUCTURE FACTORS WITH F<0 WERE EXCLUDED FROM REFINEMENT. REFINEMENT FURTHER CONTINUED WITH X-PLOR 3.1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 456 -random
Rwork0.222 ---
obs0.224 8475 86.4 %-
all-9810 --
原子変位パラメータBiso mean: 30.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1458 0 114 1572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d17.7
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.37 37
Rwork0.33 -
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM_NDBX.DNA / Topol file: TOP_NDBX.DNA
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 8474 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.224 / Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg17.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.37 / Rfactor Rwork: 0.33 / Rfactor obs: 0.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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