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- PDB-1il6: HUMAN INTERLEUKIN-6, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1il6
タイトルHUMAN INTERLEUKIN-6, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素INTERLEUKIN-6
キーワードCYTOKINE / GLYCOPROTEIN / GROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / interleukin-6 receptor complex ...regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / hepatocyte proliferation / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / germinal center B cell differentiation / response to peptidoglycan / neutrophil apoptotic process / positive regulation of extracellular matrix disassembly / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / inflammatory response to wounding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / endocrine pancreas development / negative regulation of collagen biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of acute inflammatory response / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of chemokine production / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of platelet aggregation / neutrophil mediated immunity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immunoglobulin production / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / maintenance of blood-brain barrier / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of lipid storage / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of chemokine production / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / liver regeneration / regulation of insulin secretion / response to glucocorticoid / positive regulation of translation / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to activity / cytokine activity / acute-phase response / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / neuron cellular homeostasis / cellular response to virus / platelet activation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to hydrogen peroxide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cytokine-mediated signaling pathway / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / glucose homeostasis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING.
データ登録者Xu, G.Y. / Yu, H.A. / Hong, J. / Stahl, M. / Mcdonagh, T. / Kay, L.E. / Cumming, D.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of recombinant human interleukin-6.
著者: Xu, G.Y. / Yu, H.A. / Hong, J. / Stahl, M. / McDonagh, T. / Kay, L.E. / Cumming, D.A.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1996
タイトル: Complete 1H, 15N and 13C Assignments, Secondary Structure, and Topology of Recombinant Human Interleukin-6
著者: Xu, G.Y. / Hong, J. / Mcdonagh, T. / Stahl, M. / Kay, L.E. / Seehra, J. / Cumming, D.A.
履歴
登録1997年1月31日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0061
ポリマ－21,0061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 75LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-6


分子量: 21005.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05231
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112/3/4D NOESY
121TOCSY
131ETC.

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試料調製

試料状態pH: 6.1 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY PLUS 600 / 製造業者: Varian / モデル: UNITY PLUS 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING. / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES ARE BASED ON 2961 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM NMR MEASUREMENTS INCLUDING 138 HYDROGEN BOND RESTRAINTS FROM 69 HYDROGEN BONDS IDENTIFIED USING AMIDE EXCHANGE DATA ...詳細: STRUCTURES ARE BASED ON 2961 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM NMR MEASUREMENTS INCLUDING 138 HYDROGEN BOND RESTRAINTS FROM 69 HYDROGEN BONDS IDENTIFIED USING AMIDE EXCHANGE DATA AND INITIAL STRUCTURE CALCULATIONS. IN ADDITION, 83 PHI BACKBONE TORSION ANGLE RESTRAINTS WERE DERIVED FROM COUPLING CONSTANTS. THE METHOD USED TO DERIVE THE FINAL ENSEMBLE OF STRUCTURES IS THE HYBRID METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD (M. NILGES, G.M. CLORE, AND A.M. GRONENBORN (1988) FEBS LETT. 229, 317-324.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 75 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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