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- PDB-1il1: Crystal structure of G3-519, an anti-HIV monoclonal antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1il1
タイトルCrystal structure of G3-519, an anti-HIV monoclonal antibody
要素
  • monoclonal antibody G3-519 (heavy chain)
  • monoclonal antibody G3-519 (light chain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / beta sheet structure / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Berry, M.B. / Johnson, K.A. / Radding, W. / Fung, M. / Liou, R. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Structure of an anti-HIV monoclonal Fab antibody fragment specific to a gp120 C-4 region peptide.
著者: Berry, M.B. / Johnson, K.A. / Radding, W. / Fung, M. / Liou, R. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2001年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: monoclonal antibody G3-519 (heavy chain)
B: monoclonal antibody G3-519 (light chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0732
ポリマ－48,0732
非ポリマー00
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.200, 84.300, 134.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 monoclonal antibody G3-519 (heavy chain)


分子量: 23559.076 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
細胞株: mouse myeloma line SP2/0 fused with antibody expressing B cells
#2: 抗体 monoclonal antibody G3-519 (light chain)


分子量: 24514.133 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
細胞株: mouse myeloma line SP2/0 fused with antibody expressing B cells
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 200mM sodium chloride, 100mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding / PH range low: 6 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 Mammonium sulfate1reservoir
2200 mM1reservoirNaCl
3100 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月22日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.74 Å / Num. all: 18605 / Num. obs: 18605 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / % possible all: 88.1
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 124012.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1833 9.9 %RANDOM
Rwork0.1883 ---
all0.187 29382 --
obs0.187 18605 83.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.51 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6 Å20 Å20 Å2
2--7 Å20 Å2
3----0.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3379 0 0 260 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.12.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.53
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.33
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it83.5
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 250 9.9 %
Rwork0.288 2287 -
obs-2287 69 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rfree: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.12.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.33
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.53
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it83.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.351 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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