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万見
- PDB-1ike: Crystal Structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius Prolixus Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ike
タイトルCrystal Structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius Prolixus Complexed with Histamine at 1.5 A Resolution
要素Nitrophorin 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nitric oxide transport / ferric heme / antihistamine / lipocalin
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrophorin / Nitrophorin domain / Nitrophorin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HISTAMINE / Nitrophorin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Qiu, Y. / Shelnutt, J.A. / Walker, F.A. / Montfort, W.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Ligand-induced heme ruffling and bent no geometry in ultra-high-resolution structures of nitrophorin 4.
著者: Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Qiu, Y. / Shelnutt, J.A. / Walker, F.A. / Montfort, W.R.
履歴
登録2001年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年3月2日Group: Other
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.62023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrophorin 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0203
ポリマ－20,2931
非ポリマー7282
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.180, 42.520, 52.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-283-

HOH

21A-347-

HOH

31A-392-

HOH

41A-394-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitrophorin 4


分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET-17b-NP4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q94734
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-HSM / HISTAMINE / ヒスタミン


分子量: 111.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9N3 / コメント: 神経伝達物質, ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG4000, Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 詳細: graphite monochrometer
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→8.9 Å / Num. all: 22265 / Num. obs: 20817 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2769 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESSデータ収集
SCALAデータスケーリング
SHELXL-97精密化
MADNESSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1D2U

1d2u


解像度: 1.5→8.9 Å
Isotropic thermal model: Isotropic except for anisotropic Fe, S
σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Histamine occupies the sixth coordination position of the iron. The heme is disordered by a rotation of 180 degrees around the CHA-FE-CHC axis. The only evidence of this disorder is the ...詳細: Histamine occupies the sixth coordination position of the iron. The heme is disordered by a rotation of 180 degrees around the CHA-FE-CHC axis. The only evidence of this disorder is the appearance of methyl groups CMB and CMC as vinyls. The loop containing residues 32-38 is disordered. There is no observed electron density for these residues and their positions and conformations are not reliable.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1076 -RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 20817 93.5 %-
all-22265 --
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→8.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1428 0 51 261 1740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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