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万見
- PDB-1ij9: Highly Hydrated Human VCAM-1 Fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ij9
タイトルHighly Hydrated Human VCAM-1 Fragment
要素VASCULAR CELL ADHESION PROTEIN 1
キーワードCELL ADHESION / integrin solvation
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac neuron differentiation / alpha9-beta1 integrin-vascular cell adhesion molecule-1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / chronic inflammatory response / cell adhesion mediator activity / membrane to membrane docking / leukocyte tethering or rolling / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / innervation ...cardiac neuron differentiation / alpha9-beta1 integrin-vascular cell adhesion molecule-1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / chronic inflammatory response / cell adhesion mediator activity / membrane to membrane docking / leukocyte tethering or rolling / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / innervation / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / heterotypic cell-cell adhesion / podosome / response to zinc ion / leukocyte cell-cell adhesion / response to ionizing radiation / microvillus / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Integrin cell surface interactions / cell adhesion molecule binding / positive regulation of T cell proliferation / response to nutrient / B cell differentiation / cell-matrix adhesion / cell chemotaxis / response to nicotine / filopodium / sarcolemma / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to amyloid-beta / Interferon gamma signaling / apical part of cell / cellular response to tumor necrosis factor / response to ethanol / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / early endosome / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular cell adhesion molecule-1 / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...Vascular cell adhesion molecule-1 / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular cell adhesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Taylor, P. / Bilsland, M. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: A new conformation of the integrin-binding fragment of human VCAM-1 crystallizes in a highly hydrated packing arrangement.
著者: Taylor, P. / Bilsland, M. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2001年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VASCULAR CELL ADHESION PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8941
ポリマ－21,8941
非ポリマー00
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.939, 152.939, 45.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 VASCULAR CELL ADHESION PROTEIN 1 / VCAM-1


分子量: 21893.834 Da / 分子数: 1 / 断片: VCAM-D1,D2 (INTEGRIN BINDING FRAGMENT) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19320
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes, Tris, Ammonium Sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1drop
350 mMTris1reservoir
442 %(v/v)satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.54 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
21.54181
反射解像度: 3→24 Å / Num. all: 183518 / Num. obs: 183518 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.44 % / Biso Wilson estimate: 63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 19.59
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 9.26 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 5.14 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 12530 / Num. measured all: 183518
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. unique obs: 622 / Num. measured obs: 5762

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vca

1vca


解像度: 3→24 Å / 交差検証法: FREE R / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.238 1293 RANDOM
Rwork0.208 --
all0.208 12530 -
obs0.208 12530 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1533 0 0 50 1583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.311
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.713
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.058
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.713
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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