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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iin | ||||||
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タイトル | thymidylyltransferase complexed with UDP-glucose | ||||||
要素 | glucose-1-phosphate thymidylyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Barton, W.A. / Lesniak, J. / Biggins, J.B. / Jeffrey, P.D. / Jiang, J. / Rajashankar, K.R. / Thorson, J.S. / Nikolov, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structure, mechanism and engineering of a nucleotidylyltransferase as a first step toward glycorandomization. 著者: Barton, W.A. / Lesniak, J. / Biggins, J.B. / Jeffrey, P.D. / Jiang, J. / Rajashankar, K.R. / Thorson, J.S. / Nikolov, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1iin.cif.gz | 250.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1iin.ent.gz | 202 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1iin.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1iin_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1iin_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1iin_validation.xml.gz | 52.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1iin_validation.cif.gz | 74.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/1iin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/1iin | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32485.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 株: LT2 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: Q9F7K6, UniProt: P26393*PLUS, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-UPG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Ammonium Sulfate, iso-propanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→39.83 Å / Num. all: 93944 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Limit h max: 46 / Limit h min: 0 / Limit k max: 56 / Limit k min: 0 / Limit l max: 66 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 127108.29 / Observed criterion F min: 0.32 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→39.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT 詳細: There are three C-terminal residues in the crystal for which the author does not see clear density: LYS 290, GLY 291, LEU 292. There is no density beyond the CB for LYS 154.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 55.0659 Å2 / ksol: 0.371202 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.5 Å2 / Biso mean: 20.26 Å2 / Biso min: 2.11 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 179416 / Num. reflection Rfree: 2276 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 9.8 % |