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万見
- PDB-1ihi: Crystal Structure of Human Type III 3-alpha-Hydroxysteroid Dehydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ihi
タイトルCrystal Structure of Human Type III 3-alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase/Bile Acid Binding Protein (AKR1C2) Complexed with NADP+ and Ursodeoxycholate
要素3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA BARREL / TERNARY COMPLEX / PROTEIN-NADP-BILE ACID COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / : / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase ...indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / : / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / carboxylic acid binding / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / prostaglandin metabolic process / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / digestion / epithelial cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISO-URSODEOXYCHOLIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jin, Y. / Stayrook, S.E. / Albert, R.H. / Palackal, N.T. / Penning, T.M. / Lewis, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of human type III 3alpha-hydroxysteroid dehydrogenase/bile acid binding protein complexed with NADP(+) and ursodeoxycholate.
著者: Jin, Y. / Stayrook, S.E. / Albert, R.H. / Palackal, N.T. / Penning, T.M. / Lewis, M.
履歴
登録2001年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
B: 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8446
ポリマ－73,5732
非ポリマー2,2724
水00
1
A: 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9223
ポリマ－36,7861
非ポリマー1,1362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9223
ポリマ－36,7861
非ポリマー1,1362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.09, 144.09, 202.77
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE / 3alpha-hydroxycholanate dehydrogenase / bile acid binding protein


分子量: 36786.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52895, EC: 1.1.1.52
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-IU5 / ISO-URSODEOXYCHOLIC ACID / イソウルソデオキシコ-ル酸


分子量: 392.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 5000 MME, SODIUM CACODYLATE, AMMONIUM SULFATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
123 %PEG5000 MME1reservoir
2100 mMsodium cacodylate1reservoir
3200 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Charles Supper Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 16424 / Num. obs: 16424 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 50.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique all: 2219 / % possible all: 95.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 99026

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AFS.PDB

1afs


解像度: 3→8 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2216 -RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.234 15514 --
obs0.228 15221 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5120 0 152 0 5272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg23.3
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.025
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 231 -
Rwork0.289 --
obs-2216 95.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.376 / Rfactor Rwork: 0.289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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