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万見
- PDB-1ihf: INTEGRATION HOST FACTOR/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ihf
タイトルINTEGRATION HOST FACTOR/DNA COMPLEX
要素
  • (PROTEIN (INTEGRATION HOST FACTOR ...) x 2
  • DNA (35-MER)
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*C P*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / TRANSCRIPTION FACTOR / BETA RIBBON MOTIF / DNA BENDING PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


IHF-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / DNA recombination / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription ...IHF-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / DNA recombination / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily ...Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Integration host factor subunit alpha / Integration host factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rice, P.A. / Yang, S.-W. / Mizuuchi, K. / Nash, H.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of an IHF-DNA complex: a protein-induced DNA U-turn.
著者: Rice, P.A. / Yang, S. / Mizuuchi, K. / Nash, H.A.
履歴
登録1996年8月21日処理サイト: NDB
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月2日Group: Derived calculations / Refinement description
改定 1.42012年5月9日Group: Refinement description
改定 1.52019年5月1日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (35-MER)
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*C P*AP*CP*C)-3')
A: PROTEIN (INTEGRATION HOST FACTOR (ALPHA) (IHF))
B: PROTEIN (INTEGRATION HOST FACTOR (BETA) (IHF))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,21920
ポリマ－43,5335
非ポリマー1,68615
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.360, 59.920, 180.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#1: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10801.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3')


分子量: 4611.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*C P*AP*CP*C)-3') / IHF ALPHA CHAIN


分子量: 6074.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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PROTEIN (INTEGRATION HOST FACTOR ... , 2種, 2分子 AB

#4: タンパク質 PROTEIN (INTEGRATION HOST FACTOR (ALPHA) (IHF)) / IHF BETA CHAIN


分子量: 11373.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6X7
#5: タンパク質 PROTEIN (INTEGRATION HOST FACTOR (BETA) (IHF))


分子量: 10671.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y1

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非ポリマー , 2種, 400分子

#6: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細BASE NUMBERING CORRESPONDS TO STANDARD LAMBDA ATT SITE COORDINATES. BASES 19 - 47 ARE THOSE FOUND ...BASE NUMBERING CORRESPONDS TO STANDARD LAMBDA ATT SITE COORDINATES. BASES 19 - 47 ARE THOSE FOUND IN THE LAMBDA ATT SITE. THE TOP STRAND (CHAINS D AND E) WAS SYNTHESIZED AS TWO OLIGONUCLEOTIDES, RESULTING IN A NICK BETWEEN BASES 29 AND 30. THE BOTTOM STRAND (CHAIN C) WAS SYNTHESIZED AS A SINGLE 35 MER AND HAS BEEN ASSIGNED NEGATIVE RESIDUE NUMBERS SUCH THAT BASES WITH THE SAME ABSOLUTE VALUE ARE PAIRED. THE CRYSTALS PACK TO FORM A PSEUDO-CONTINUOUS HELIX, WITH THE OVERHANGING BASE 15 OF THE TOP STRAND PAIRED TO THE OVERHANGING BASE -50 OF A 21 NEIGHBORING COMPLEX'S BOTTOM STRAND.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
3NACL11
4PEG 400011
5KCL11
6SPERMINE11
7GLYCEROL11
8CDCL211
9NA AZIDE11
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 58 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
123 mg/mlprotein1drop
21.5 mMDNA1drop
320 mMTris-HCl1drop
450 mM1dropNaCl
520-23 %PEG40001reservoir
650 mM1reservoirKCl
71 mMspermine1reservoir
85-15 %glycerol1reservoir
915 mM1reservoirCdCl2
100.3 %1reservoirNaN3
1150 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月14日 / 詳細: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. obs: 22925 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15 Å / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
RAVEモデル構築
X-PLOR3.816精密化
HKL(DENZO)データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RAVE位相決定
精密化解像度: 2.5→15 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0
詳細: DIFFRACTION IS ANISOTROPIC. FALLS BELOW 2 ALONG X AT 2.5 ANGSTROM, ALONG Y AT 3.0 ANGSTROM, AND ALONG Z IS STILL >2 AT 2.2 ANGSTROM. THE COMPLETENESS OF THE DATA WITHIN AN ELLIPSOID WITH ...詳細: DIFFRACTION IS ANISOTROPIC. FALLS BELOW 2 ALONG X AT 2.5 ANGSTROM, ALONG Y AT 3.0 ANGSTROM, AND ALONG Z IS STILL >2 AT 2.2 ANGSTROM. THE COMPLETENESS OF THE DATA WITHIN AN ELLIPSOID WITH THESE PRINCIPLE AXES IS 98.0%. THIS EXPLAINS THE LOW VALUE OF THE COMPLETENESS IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN. THE REPORTED OVERALL RESOLUTION OF 2.5 ANGSTROM IS AN AVERAGE VALUE. DNA PARAMETERS FROM PARKINSON, G., VOJTECHOVSKY, J., CLOWNEY, L., BRUNGER, A.T. AND BERMAN, H.M. (1996) ACTA CRYST. D52, 57-64. NON-WATSON-CRICK BASE PAIRING: T C 28 REVERSE WATSON-CRICK BASE PAIR. T C 29 HOOGSTEEN BASE PAIR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1046 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.255 ---
obs-21918 81.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.684 Å20 Å20 Å2
2--23.18 Å20 Å2
3----17.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1511 1426 15 385 3337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 49 5 %
Rwork0.382 888 -
obs--29 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1, 3.816 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.8 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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