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- PDB-1ihb: CRYSTAL STRUCTURE OF P18-INK4C(INK6) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ihb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF P18-INK4C(INK6)
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR
キーワードCELL CYCLE INHIBITOR / P18-INK4C(INK6) / ANKYRIN REPEAT / CDK 4/6 INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / oligodendrocyte differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of stem cell proliferation / stem cell proliferation / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of cell growth / Cyclin D associated events in G1 ...negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / oligodendrocyte differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of stem cell proliferation / stem cell proliferation / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of cell growth / Cyclin D associated events in G1 / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ravichandran, V. / Swaminathan, K. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the CDK4/6 inhibitory protein p18INK4c provides insights into ankyrin-like repeat structure/function and tumor-derived p16INK4 mutations.
著者: Venkataramani, R. / Swaminathan, K. / Marmorstein, R.
履歴
登録1997年10月25日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1292
ポリマ－35,1292
非ポリマー00
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.510, 151.700, 40.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR / P18-INK4C(INK6)


分子量: 17564.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: P18-INK4C(INK6) / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): P18-INK4C(INK6) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P42773
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, 4 DEG. C, 2 MICROLITER HANGING DROP CONTAINING 5 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS (PH 8.5), 25 MM (NH4)2 HPO4, 0.5 MM DDT, 7% PEG 6K, 1 MM NACL EQUILIBRATED OVER A RESERVOIR ...詳細: VAPOR DIFFUSION, 4 DEG. C, 2 MICROLITER HANGING DROP CONTAINING 5 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS (PH 8.5), 25 MM (NH4)2 HPO4, 0.5 MM DDT, 7% PEG 6K, 1 MM NACL EQUILIBRATED OVER A RESERVOIR CONTAINING 14% PEG 6K AND 2 M NACL. WITHIN 8 DAYS, 0.2 X 0.2 X 0.4 MM CRYSTALS., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
325 mM1dropNH42HPO4
40.5 mMdithiothreitol1drop
57 %PEG60001drop
61 M1dropNaCl
714 %PEG60001reservoir
82 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月18日 / 詳細: MSC/YALE MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 24019 / % possible obs: 90.3 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.049
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.95→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 2208 9.9 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 22215 87.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2383 0 0 207 2590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.48
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.891.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.722
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.692
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.582.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 200 8.9 %
Rwork0.265 2048 -
obs--54.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / Rfactor all: 0.211 / Rfactor obs: 0.205 / Rfactor Rfree: 0.284
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.48
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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