PDB-1ih9: NMR Structure of Zervamicin IIB (peptaibol antibiotic) Bound to D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ih9

タイトル

NMR Structure of Zervamicin IIB (peptaibol antibiotic) Bound to DPC Micelles

要素

ZERVAMICIN IIB

キーワード

ANTIBIOTIC / ZREVAMICIN / PEPTAIBOL ANTIBACTERIAL / ANTIFUNGAL / ANTIBIOTIC BENT HELIX

機能・相同性

Zervamicin IIB / :

機能・相同性情報

生物種

EMERICELLOPSIS SALMOSYNNEMATA (菌類)

手法

溶液NMR / SIMULATED ANNELING. ENERGY MINIMISATION.

データ登録者

Shenkarev, Z.O. / Balasheva, T.A. / Efremov, R.G. / Yakimenko, Z.A. / Ovchinnikova, T.V. / Raap, J. / Arseniev, A.S.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2002
タイトル: Spatial Structure of Zervamicin Iib Bound to Dpc Micelles: Implications for Voltage-Gating.
著者: Shenkarev, Z.O. / Balashova, T.A. / Efremov, R.G. / Yakimenko, Z.A. / Ovchinnikova, T.V. / Raap, J. / Arseniev, A.S.

履歴

登録	2001年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月14日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年7月27日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.4	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.5	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ih9.cif.gz	92.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ih9.ent.gz	64.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ih9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ih9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ih9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1amt 1dlz 1ee7 1gq0 1joh 1m24 1ob4 1ob6 1ob7 1r9u
類似構造データ	1dlz-d 1r9u-d 3n93-5 5v65-12 1o53-d 4g13-d 1pi8-d 5v65-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ZERVAMICIN IIB

1.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	ZERVAMICIN IIB タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1823.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: ZERVAMICIN IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0) 由来: (天然) EMERICELLOPSIS SALMOSYNNEMATA (菌類) / 株: 336 IMI 58330 / 参照: NOR: NOR01092, Zervamicin IIB
構成要素の詳細	ZERVAMICIN IIB IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...ZERVAMICIN IIB IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, ZERVAMICIN IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	1.8 MM ZRV-IIB
2	70MM D-DPC
3	90% H2O, 10% D2O

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 6.8 / 圧: 1ATM ATM / 温度: 303 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
DISCOVER 1.2	BIOSYM TECHNOLOGIES	精密化
VNMR 5.3		構造決定
XEASY 2.1		構造決定
DYANA 1.5		構造決定

精密化

手法: SIMULATED ANNELING. ENERGY MINIMISATION. / ソフトェア番号: 1
詳細: 536 NOESY PEAKS, 174 UPPER CONSTRAINTS 29 ADDITIONAL LOWER CONSTRAINTS 60 ADDITIONAL CONSTRAINTS FOR HYDROGEN BONDS 11 ANGLE CONSTRAINTS

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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