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- PDB-1iga: MODEL OF HUMAN IGA1 DETERMINED BY SOLUTION SCATTERING CURVE-FITTI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iga
タイトルMODEL OF HUMAN IGA1 DETERMINED BY SOLUTION SCATTERING CURVE-FITTING AND HOMOLOGY MODELLING
要素(IGA1) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / IGA1
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / Scavenging of heme from plasma / complement activation, classical pathway ...secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / Scavenging of heme from plasma / complement activation, classical pathway / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin heavy constant alpha 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱
データ登録者Boehm, M.K. / Woof, J.M. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The Fab and Fc fragments of IgA1 exhibit a different arrangement from that in IgG: a study by X-ray and neutron solution scattering and homology modelling.
著者: Boehm, M.K. / Woof, J.M. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
#1: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1998
タイトル: Molecular Structures from Low Angle X-Ray and Neutron Scattering Studies
著者: Perkins, S.J. / Ashton, A.W. / Boehm, M.K. / Chamberlain, D.
#2: ジャーナル: Immunol.Rev. / 年: 1998
タイトル: Analogy and Solution Scattering Modelling: New Structural Strategies for the Multidomain Proteins of Complement, Cartilage and the Immunoglobulin Superfamily
著者: Perkins, S.J. / Ullman, C.G. / Brissett, N.C. / Chamberlain, D. / Boehm, M.K.
履歴
登録1998年12月23日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGA1
B: IGA1
C: IGA1
D: IGA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,5704
ポリマ－148,5704
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 IGA1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 51068.383 Da / 分子数: 2 / 断片: CHAINS A AND B, HEAVY, CHAINS C AND D, LIGHT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SEE PRIMARY REFERENCE FOR MORE DETAILS / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01876
#2: 抗体 IGA1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23216.770 Da / 分子数: 2 / 断片: CHAINS A AND B, HEAVY, CHAINS C AND D, LIGHT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SEE PRIMARY REFERENCE FOR MORE DETAILS / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: EMBL: X95747

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: not appplicable

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データ収集

Soln scatter

Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Num. of time frames: 1 / Source class: Y

タイプIDData reduction software list検出器タイプSource beamlineSource type
x-ray1OTOKOQUADRANT DETECTOR2.1SRS DARESBURY
neutron2COLETTEHE-3 ORDELA DETECTORLOQISIS RUTHERFORD

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解析

ソフトウェア名称: DISCOVER / バージョン: 3 / 分類: 精密化
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1378 0 0 0 1378
Soln scatter model手法: SCATTERING FITTING, ENERGY MINIMIZATION
詳細: THE MODEL OF HUMAN IGA1 WAS BASED ON SEVERAL IMMUNOGLOBULIN CRYSTAL STRUCTURES FROM THE PDB. AN IGA1 MONOMER CONTAINS TWELVE DOMAINS ON TWO FOUR-DOMAIN HEAVY CHAINS AND TWO TWO-DOMAIN LIGHT ...詳細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
Num. of conformers submitted: 1 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: INSIGHT II, DISCOVERY 2.9.7, BIOSYM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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