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- PDB-1ig7: Msx-1 Homeodomain/DNA Complex Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ig7
タイトルMsx-1 Homeodomain/DNA Complex Structure
要素
  • 5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*G)-3'
  • 5'-D(P*TP*CP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*C)-3'
  • Homeotic protein Msx-1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / helix-turn-helix / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cell surface receptor signaling pathway involved in heart development / activation of meiosis / negative regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of mesenchymal cell apoptotic process / embryonic nail plate morphogenesis / nose development / cartilage morphogenesis / regulation of odontogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation ...cell surface receptor signaling pathway involved in heart development / activation of meiosis / negative regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of mesenchymal cell apoptotic process / embryonic nail plate morphogenesis / nose development / cartilage morphogenesis / regulation of odontogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / positive regulation of odontogenesis / pituitary gland development / mesenchymal cell apoptotic process / mesenchymal cell proliferation / mammary gland epithelium development / positive regulation of BMP signaling pathway / bone morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / face morphogenesis / signal transduction involved in regulation of gene expression / odontogenesis / anterior/posterior pattern specification / middle ear morphogenesis / embryonic digit morphogenesis / muscle organ development / midbrain development / forebrain development / odontogenesis of dentin-containing tooth / inner ear development / roof of mouth development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / epithelial to mesenchymal transition / protein localization to nucleus / BMP signaling pathway / heart morphogenesis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell cycle / nuclear periphery / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / stem cell differentiation / negative regulation of cell growth / cellular response to nicotine / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cell morphogenesis / p53 binding / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...: / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein MSX-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hovde, S. / Abate-Shen, C. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the Msx-1 homeodomain/DNA complex
著者: Hovde, S. / Abate-Shen, C. / Geiger, J.H.
履歴
登録2001年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*G)-3'
C: 5'-D(P*TP*CP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*C)-3'
A: Homeotic protein Msx-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7873
ポリマ－15,7873
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.600, 60.960, 82.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量: 3999.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(P*TP*CP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*C)-3'


分子量: 4848.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Homeotic protein Msx-1


分子量: 6939.079 Da / 分子数: 1 / Fragment: Homeodomain (157-233) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pDs56-Msx-1(157-233) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13297
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Sodium Acetate11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 %PEG40001reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月20日 / 詳細: Osmic confocal maxflux mirrors
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 130352 / Num. obs: 11914 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / % possible all: 97.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / Num. obs: 11219
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.298

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Even-Skipped Homeodomain/DNA complex

解像度: 2.2→21.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 412425.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 836 10.4 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.2119 10391 --
obs0.205 8007 88.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.12 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.91 Å20 Å20 Å2
2---5.33 Å20 Å2
3----13.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数476 590 0 153 1219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.01
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.292.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 113 10.1 %
Rwork0.261 1004 -
obs--75.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0192
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.174
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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