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万見
- PDB-1ig4: Solution Structure of the Methyl-CpG-Binding Domain of Human MBD1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ig4
タイトルSolution Structure of the Methyl-CpG-Binding Domain of Human MBD1 in Complex with Methylated DNA
要素
  • 5'-D(*GP*TP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*GP*AP*TP*AP*C)-3'
  • Methyl-CpG Binding Protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / ALPHA-BETA / DOUBLE HELIX / RECOGNITION VIA BETA-SHEET / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded methylated DNA binding / unmethylated CpG binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear matrix / chromosome / transcription by RNA polymerase II / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription ...double-stranded methylated DNA binding / unmethylated CpG binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear matrix / chromosome / transcription by RNA polymerase II / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily ...Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Structure calculations were performed following simulated annealing protocols using X-PLOR.
データ登録者Ohki, I. / Shimotake, N. / Fujita, N. / Jee, J.-G. / Ikegami, T. / Nakao, M. / Shirakawa, M.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the methyl-CpG binding domain of human MBD1 in complex with methylated DNA.
著者: Ohki, I. / Shimotake, N. / Fujita, N. / Jee, J. / Ikegami, T. / Nakao, M. / Shirakawa, M.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of the methyl-CpG-binding domain of the methylation-dependent transcriptional repressor MBD1
著者: Ohki, I. / Shimotake, N. / Fujita, N. / Nakao, M. / Shirakawa, M.
#2: ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 1997
タイトル: A component of the transcriptional repressor MeCP1 shares a motif with DNA methyltransferase and HRX proteins
著者: Cross, S.H. / Meehan, R.R. / Nan, X. / Bird, A.
履歴
登録2001年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*TP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*GP*AP*TP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*TP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*GP*AP*TP*AP*C)-3'
A: Methyl-CpG Binding Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8703
ポリマ－15,8703
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*GP*AP*TP*AP*C)-3'


分子量: 3676.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Methyl-CpG Binding Protein


分子量: 8516.751 Da / 分子数: 1 / Fragment: Methyl-CpG-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD1 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: Q9UIS9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114D 13C/15N-separated NOESY
1224D 13C-separated NOESY
1333D 15N-separated NOESY
1423D 13C-filtered 13C-separated NOESY
153HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using multi-dimensional heteronuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.3mM MBD1(U-15N,13C)-DNA Complex; 20mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
21.3mM MBD1(U-15N,13C)-DNA Complex; 20mM phosphate buffer100% D2O
31mM MBD1(U-15N)-DNA Complex; 20mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX5002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1.8Delaglio解析
PIPP4.0.4Garrettデータ解析
NMRView4Johnsonデータ解析
X-PLOR3.8Brunger精密化
精密化手法: Structure calculations were performed following simulated annealing protocols using X-PLOR.
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was determined from a total of 2,022 distance and dihedral angle restraints, including 91 intermolecular NOE restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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