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- PDB-1ifm: TWO FORMS OF PF1 INOVIRUS: X-RAY DIFFRACTION STUDIES ON A STRUCTU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ifm
タイトルTWO FORMS OF PF1 INOVIRUS: X-RAY DIFFRACTION STUDIES ON A STRUCTURAL PHASE TRANSITION AND A CALCULATED LIBRATION NORMAL MODE OF THE ASYMMETRIC UNIT
要素INOVIRUS
キーワードVIRUS / Helical virus
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / host cell membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #230 / Inovirus Coat protein B / Capsid protein G8P / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス)
手法繊維回折 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Marvin, D.A.
引用
ジャーナル: Phase Transitions / 年: 1992
タイトル: Two Forms of Pf1 Inovirus: X-Ray Diffraction Studies on a Structural Phase Transition and a Calculated Libration Normal Mode of the Asymmetric Unit
著者: Marvin, D.A. / Nave, C. / Bansal, M. / Hale, R.D. / Salje, E.K.H.
#1: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1990
タイトル: Model-Building Studies of Inovirus: Genetic Variations on a Geometric Theme
著者: Marvin, D.A.
#2: ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 1989
タイトル: Dynamics of Telescoping Inovirus: A Mechanism for Assembly at Membrane Adhesions
著者: Marvin, D.A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Pf1 Inovirus. Electron Density Distribution Calculated by a Maximum Entropy Algorithm from Native Fiber Diffraction Data to 3 Angstroms Resolution and Single Isomorphous Replacement ...タイトル: Pf1 Inovirus. Electron Density Distribution Calculated by a Maximum Entropy Algorithm from Native Fiber Diffraction Data to 3 Angstroms Resolution and Single Isomorphous Replacement Data to 5 Angstroms Resolution
著者: Marvin, D.A. / Bryan, R.K. / Nave, C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Pf1 Filamentous Bacterial Virus. X-Ray Fibre Diffraction Analysis of Two Heavy-Atom Derivatives
著者: Nave, C. / Brown, R.S. / Fowler, A.G. / Ladner, J.E. / Marvin, D.A. / Provencher, S.W. / Tsugita, A. / Armstrong, J. / Perham, R.N.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Filamentous Bacterial Viruses Xi. Molecular Architecture of the Class II (Pf1, Xf) Virion
著者: Marvin, D.A. / Wiseman, R.L. / Wachtel, E.J.
履歴
登録1994年1月31日処理サイト: BNL
改定 1.01994年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INOVIRUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6121
ポリマ－4,6121
非ポリマー00
水00
1
A: INOVIRUS
x 35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,43435
ポリマ－161,43435
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation34
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 35 / Rise per n subunits: 3.05 Å / Rotation per n subunits: 65.915 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド INOVIRUS


分子量: 4612.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス) / 属: Inovirus / 株: PF1 MAJOR / 参照: UniProt: P03621

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実験情報

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実験

実験手法: 繊維回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: fiber diffraction

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データ収集

放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 3.3 Å
詳細: THE MODEL IS REFINED USING THE JACK-LEVITT METHOD (M. LEVITT, J.MOL.BIOL. V. 82, 393, 1974; J.MOL.BIOL. V. 168, 595, 1983; A. JACK, M. LEVITT, ACTA CRYSTALLOG. V. A34, 931, 1978). SEE 1IFD ...詳細: THE MODEL IS REFINED USING THE JACK-LEVITT METHOD (M. LEVITT, J.MOL.BIOL. V. 82, 393, 1974; J.MOL.BIOL. V. 168, 595, 1983; A. JACK, M. LEVITT, ACTA CRYSTALLOG. V. A34, 931, 1978). SEE 1IFD FOR DETAILS. THE INDEXING OF UNITS ALONG THE BASIC HELIX IS ILLUSTRATED IN REFERENCE 2. TO GENERATE COORDINATES X(K), Y(K), Z(K) OF UNIT K FROM THE GIVEN COORDINATES X(0), Y(0), Z(0) OF UNIT 0 IN A UNIT CELL WITH HELIX PARAMETERS (TAU, P) = (66.667, 2.90), APPLY THE MATRIX AND VECTOR: | COS(TAU*K) -SIN(TAU*K) 0 | | 0 | | SIN(TAU*K) COS(TAU*K) 0 | + | 0 | | 0 0 1 | | P*K | THE NEIGHBORS IN CONTACT WITH UNIT 0 ARE UNITS K = +/-1, +/-5, +/-6, +/-11 AND +/-17. THESE SYMMETRY-RELATED COPIES ARE USED TO DETERMINE INTERCHAIN NON-BONDED CONTACTS DURING THE REFINEMENT. THE TEMPERATURE FACTOR WAS NOT REFINED AND IS GIVEN THE ARBITRARY VALUE OF 10.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数322 0 0 0 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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