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- PDB-1if1: INTERFERON REGULATORY FACTOR 1 (IRF-1) COMPLEX WITH DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1if1
タイトルINTERFERON REGULATORY FACTOR 1 (IRF-1) COMPLEX WITH DNA
要素
  • DNA (26-MER)
  • PROTEIN (INTERFERON REGULATORY FACTOR 1)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / TRANSCRIPTION FACTOR / INTERFERON REGULATION / HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell differentiation / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / regulation of adaptive immune response / negative regulation of regulatory T cell differentiation / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / regulation of innate immune response ...CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell differentiation / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / regulation of adaptive immune response / negative regulation of regulatory T cell differentiation / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / regulation of innate immune response / type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / cellular response to mechanical stimulus / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / defense response to virus / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-1/2 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Interferon regulatory factor-1/2 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon regulatory factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Escalante, C.R. / Yie, J. / Thanos, D. / Aggarwal, A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Structure of IRF-1 with bound DNA reveals determinants of interferon regulation.
著者: Escalante, C.R. / Yie, J. / Thanos, D. / Aggarwal, A.K.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997
タイトル: Expression, Purification, and Co-Crystallization of Irf-1 Bound to the Interferon-Beta Element Prdi
著者: Escalante, C.R. / Yie, J. / Thanos, D. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録1997年9月12日処理サイト: NDB
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月15日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
A: PROTEIN (INTERFERON REGULATORY FACTOR 1)
B: PROTEIN (INTERFERON REGULATORY FACTOR 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8124
ポリマ－42,8124
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.800, 84.800, 203.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.823802, 0.55224, -0.127987), (0.566506, 0.79384, -0.221107), (-0.020503, -0.254654, -0.966815)
ベクター: 106.722, -28.833, 29.2859)

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要素

#1: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7986.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 PROTEIN (INTERFERON REGULATORY FACTOR 1)


分子量: 13419.605 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA-BINDING PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: MOUSE FIBROBLAST L929 / プラスミド: PET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P15314
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18-22% PEG8K, 300 MM AMMONIUM ACETATE (PH 6.5), 10% GLYCEROL.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Escalante, C.R., (1997) FEBS Lett., 414, 219.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118-22 %PEG800011
2300 mMammonium acetate11

-
データ収集

回折平均測定温度: 111 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: DUAL SLITS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 20328 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3→3.23 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 13.5 / Rsym value: 0.09 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 21657 / % possible obs: 99.1 % / Num. measured all: 125805
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.23 Å / % possible obs: 99.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→12 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 -10 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 20328 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20.642 Å20 Å2
2--0.642 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1715 1054 0 10 2779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight Biso Weight position
11RESTRAINTS30.066300300
2230.08300300
3350.0741010
4450.0591010
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REP.PARAMODDNA-RNA.TOPMOD
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29.97 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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