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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ies | ||||||
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タイトル | TETRAGONAL CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE HORSE SPLEEN FERRITIN | ||||||
要素 | FERRITIN | ||||||
キーワード | IRON STORAGE / APOFERRITIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Granier, T. / Gallois, B. / Dautant, A. / Langlois D'Estaintot, B. / Precigoux, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997 タイトル: Comparison of the structures of the cubic and tetragonal forms of horse-spleen apoferritin. 著者: Granier, T. / Gallois, B. / Dautant, A. / Langlois d'Estaintot, B. / Precigoux, G. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Preliminary Results on X-Ray Diffraction Study of the Tetragonal Form of Native Horse Spleen Ferritin 著者: Granier, T. / Gallois, B. / Dautant, A. / Langlois D'Estaintot, B. / Precigoux, G. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: A Crystallographic Study of Haem Binding to Ferritin 著者: Precigoux, G. / Yariv, J. / Gallois, B. / Dautant, A. / Courseille, C. / Langlois D'Estaintot, B. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1980 タイトル: Helix Packing and Subunit Conformation in Horse Spleen Apoferritin 著者: Clegg, G.A. / Stansfield, R.F. / Bourne, P.E. / Harrison, P.M. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974 タイトル: A Tetragonal Crystal Form of Horse Spleen Apoferritin and its Relation to the Cubic Modification 著者: Hoy, T.G. / Harrison, P.M. / Hoare, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ies.cif.gz | 217.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ies.ent.gz | 177.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ies.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/1ies ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/1ies | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19872.428 Da / 分子数: 6 / 断片: L-CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: SPLEEN / 組織: SPLEEN / 参照: UniProt: P02791 #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 % | ||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.375 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.375 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 51340 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 60.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 354156 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HRS 解像度: 2.6→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 1 詳細: WARNING THE THREE C-TERMINAL RESIDUES 172 - 174, SIDE CHAIN ATOMS FOR RESIDUES SER 1, GLN 3, GLU 45, HIS 49, GLU 53, GLU 56, GLU 57, LYS 67, GLN 82, GLU 136, SER 157 AND GLN 158 ARE POORLY ...詳細: WARNING THE THREE C-TERMINAL RESIDUES 172 - 174, SIDE CHAIN ATOMS FOR RESIDUES SER 1, GLN 3, GLU 45, HIS 49, GLU 53, GLU 56, GLU 57, LYS 67, GLN 82, GLU 136, SER 157 AND GLN 158 ARE POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAP, PROBABLY BECAUSE OF DISORDER. ALL THE REMAINING RESIDUES HAVE WELL-DEFINED DENSITY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.66 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 2.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.7 Å / Rfactor Rwork: 0.27 |