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- PDB-1ie7: PHOSPHATE INHIBITED BACILLUS PASTEURII UREASE CRYSTAL STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ie7
タイトルPHOSPHATE INHIBITED BACILLUS PASTEURII UREASE CRYSTAL STRUCTURE
要素
  • UREASE ALPHA SUBUNIT
  • UREASE BETA SUBUNIT
  • UREASE GAMMA SUBUNIT
キーワードHYDROLASE / UREASE / BACILLUS PASTEURII / NICKEL / METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / : / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Sporosarcina pasteurii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Benini, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Ciurli, S. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure-based rationalization of urease inhibition by phosphate: novel insights into the enzyme mechanism.
著者: Benini, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Ciurli, S. / Mangani, S.
#1: ジャーナル: J.BIOL.INORG.CHEM. / 年: 2000
タイトル: The Complex of Bacillus pasteurii Urease with Acetohydroxamate anion from X-ray Data at 1.55 A Resolution
著者: Benini, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Miletti, S. / Ciurli, S. / Mangani, S.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: A New Proposal for Urease Mechanism Based on the Crystal Structures of the Native and Inhibited Enzyme from Bacillus pasteurii: Why Urea Hydrolysis Costs Two Nickels
著者: Benini, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Miletti, S. / Ciurli, S. / Mangani, S.
#3: ジャーナル: J.BIOL.INORG.CHEM. / 年: 1998
タイトル: The Complex of Bacillus pasteurii Urease with beta-mercaptoethanol from X-ray Data at 1.65 A Resolution
著者: Benini, S. / Ciurli, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Mangani, S.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary High-resolution X-ray Diffraction Analysis of Native and beta-mercaptoethanol-inhibited Urease from Bacillus pasteurii
著者: Benini, S. / Ciurli, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Mangani, S.
履歴
登録2001年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 999SEQUENCE There are differences between the original sequence from DNA reported by others and the ...SEQUENCE There are differences between the original sequence from DNA reported by others and the electron density maps, including an insertion. The modified residues are due to posttranslational modifications.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
C: UREASE ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0266
ポリマ－86,8133
非ポリマー2123
水16,141896
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area30210 Å2
手法PISA
2
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
C: UREASE ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子

A: UREASE GAMMA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
C: UREASE ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子

A: UREASE GAMMA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
C: UREASE ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,07718
ポリマ－260,4409
非ポリマー6379
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area48260 Å2
ΔGint-309 kcal/mol
Surface area60720 Å2
手法PISA
3
A: UREASE GAMMA SUBUNIT

B: UREASE BETA SUBUNIT
C: UREASE ALPHA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0266
ポリマ－86,8133
非ポリマー2123
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area29390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.489, 131.489, 189.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 UREASE GAMMA SUBUNIT / UREA AMIDOHYDROLASE


分子量: 11204.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 株: DSM 33 / 参照: UniProt: P41022, urease
#2: タンパク質 UREASE BETA SUBUNIT / UREA AMIDOHYDROLASE


分子量: 13975.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 株: DSM 33 / 参照: UniProt: P41021, urease
#3: タンパク質 UREASE ALPHA SUBUNIT / UREA AMIDOHYDROLASE


分子量: 61632.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 株: DSM 33 / 参照: UniProt: P41020, urease

-
非ポリマー , 3種, 899分子

#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 1.8 M AMS, 100 mM Sodium Phosphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 K / pH: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
111 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium phosphate1droppH7.5
350 mM1dropNa2SO3
41.6-1.8 Mammonium sulfate1reservoir
5100 mMsodium phosphate1reservoirpH6.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.834 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月10日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.834 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→11.987 Å / Num. all: 82718 / Num. obs: 379334 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.58 % / Biso Wilson estimate: 22.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.14 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 3824 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 94.3
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 82718 / 冗長度: 4.61 % / Num. measured all: 381291
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ubp

2ubp


解像度: 1.85→11.99 Å / SU B: 2.8591 / SU ML: 0.0826 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.1183 / ESU R Free: 0.1161 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE PROTEIN ATOMS INVOLVED IN CLOSE CONTACTS WITH WATERS IN REMARK 500 ARE DISORDERED AS INDICATED BY THEIR OCCUPANCY = 0. The residue ASN C 327 that has a chirality error at the CA center is ...詳細: THE PROTEIN ATOMS INVOLVED IN CLOSE CONTACTS WITH WATERS IN REMARK 500 ARE DISORDERED AS INDICATED BY THEIR OCCUPANCY = 0. The residue ASN C 327 that has a chirality error at the CA center is located in a very disordered region in the electron desity map.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1607 2 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.19 80351 99.3 %-
all-80351 --
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→11.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6054 0 7 896 6957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.440.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.515
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.120
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8913
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.3745
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.9436
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.038
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 204 -
Rwork0.3 --
obs-9374 94.3 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 12 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor obs: 0.173 / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.440.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.067
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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