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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1idx | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structural Basis for Poor Excision from Hairpin DNA: NMR Study | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / Uracil / Hairpin DNA / Hairpin loop / Double helix / UDG-Uracil interaction | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / Restrained molecular dynamics, Energy minimization | ![]() Ghosh, M. / Rumpal, N. / Varshney, U. / Chary, K.V. | ![]() ![]() タイトル: Structural basis for poor uracil excision from hairpin DNA. An NMR study. 著者: Ghosh, M. / Rumpal, N. / Varshney, U. / Chary, K.V. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 306.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 329 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ii1C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5483.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Custom made by Ransom Hill Biosciences, Inc., Ramona CA (USA) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using 2D homonuclear techniques |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Restrained molecular dynamics, Energy minimization / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 196 restraints, 122 are NOE-derived distance constraints, 64 dihedral angle restraints, 10 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations,lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 6 |