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- PDB-1idw: STRUCTURE OF THE HYBRID RNA/DNA R-GCUUCGGC-D[CL]U IN PRESENCE OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1idw
タイトルSTRUCTURE OF THE HYBRID RNA/DNA R-GCUUCGGC-D[CL]U IN PRESENCE OF RH(NH3)6+++
要素5'-R(*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*C)-D(P*(UCL))-3'
キーワードDNA/RNA / RNA/DNA HYBRID / RHODIUM HEXAMMINE / C-U MISMATCH / G-U MISMATCH / DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性RHODIUM HEXAMINE ION / DNA/RNA hybrid
機能・相同性情報
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cruse, W. / Saludjian, P. / Neuman, A. / Prange, T.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Destabilizing effect of a fluorouracil extra base in a hybrid RNA duplex compared with bromo and chloro analogues
著者: Cruse, W. / Saludjian, P. / Neuman, A. / Prange, T.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Structure of a Mispaired RNA Double Helix at 1.6 A Resolution and Implications for the Prediction of RNA Secondary Structure
著者: Cruse, W. / Saludjian, P. / Biala, E. / Strazewski, P. / Prange, T. / Kennard, O.
履歴
登録2001年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*C)-D(P*(UCL))-3'
B: 5'-R(*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*C)-D(P*(UCL))-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1676
ポリマ－5,6862
非ポリマー4814
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.820, 19.380, 50.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second strand of the dimer is not symmetric

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド 5'-R(*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*C)-D(P*(UCL))-3'


分子量: 2843.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: phosphoramidite method
#2: 化合物 ChemComp-RHD / RHODIUM HEXAMINE ION


分子量: 205.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18N6Rh
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: cacodylate buffer, MPD, Rhodium-hexammine, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate buffer11
2MPD11
3rhodium-hexammine11
4MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.05 Mlithium cacodylate1drop
45 %1drop
535-40 %MPD1reservoir
2RNA/DNA hybrid1drop0.1mg
3rhodium/iridium hexammine1drop0.1mg

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1997年3月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→6 Å / Num. all: 3738 / Num. obs: 3641 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.8→2 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 517 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 43.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6 Å / % possible obs: 85 % / Num. measured all: 13027

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESSデータ収集
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
MADNESSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 165D

165d


解像度: 1.8→6 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4
立体化学のターゲット値: personal dictionary from small molecules
詳細: Chloro-uracil 9 B disordered at the C2 position. Refined as two-component 1:1 static orientations paired to their symmetry-related mates. The two rhodium atoms are refined anisotropically. ...詳細: Chloro-uracil 9 B disordered at the C2 position. Refined as two-component 1:1 static orientations paired to their symmetry-related mates. The two rhodium atoms are refined anisotropically. One chlorine atom is disordered.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 311 -RANDOM
Rwork0.172 ---
all0.176 3738 --
obs0.172 3641 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 389 20 46 455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDRfactor Rfree error% reflection obs (%)
1.8-20.21400.169X-RAY DIFFRACTION0.0243.2
2-2.30.191930.164X-RAY DIFFRACTION0.0298.5
2.3-2.70.211800.176X-RAY DIFFRACTION0.0298.7
2.7-3.50.187690.168X-RAY DIFFRACTION0.0296.8
3.5-60.19300.195X-RAY DIFFRACTION0.0276.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.071
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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