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万見
- PDB-1ick: LEFT-HANDED Z-DNA HEXAMER DUPLEX D(CGCGCG)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ick
タイトルLEFT-HANDED Z-DNA HEXAMER DUPLEX D(CGCGCG)2
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / left-handed Z-DNA oligomer
機能・相同性SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 2DCG model from PDB / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Dauter, Z. / Adamiak, D.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Anomalous signal of phosphorus used for phasing DNA oligomer: importance of data redundancy.
著者: Dauter, Z. / Adamiak, D.A.
履歴
登録2001年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8474
ポリマ－3,6202
非ポリマー2272
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)17.870, 31.550, 44.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30 mM cacodylate buffer, 15 mM MgCl2, 10 mM spermine, 5% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate buffer11
2MgCl211
3spermine11
4MPD11
5MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlDNA1drop
230 mMcacodylate1drop
315 mM1dropMgCl2
410 mMspermine1drop
55 %1drop
637.5 %MPD1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL CUT DOUBLE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→20 Å / Num. all: 16121 / Num. obs: 16121 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 4.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 58.7
反射 シェル解像度: 0.95→0.98 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique all: 1550 / Rsym value: 0.129 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 193475
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 2DCG model from PDB
開始モデル: 2DCG from PDB

2dcg


解像度: 0.95→10 Å / 交差検証法: electron density maps / σ(F): -99 / σ(I): -99 / 立体化学のターゲット値: Parkinson et al.
詳細: Anisotropic model for all atoms. The average rms error from the inversion of the lsq matrix is 0.01 Angstrom.
Rfactor反射数%反射
obs0.0865 15782 98 %
all-16102 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 24 83 347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.157
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.081
LS精密化 シェル解像度: 0.95→10 Å / Rfactor Rfree error: 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.016 --
Rfree-0 -
obs--98 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 15782 / Num. reflection obs: 16102 / Rfactor all: 0.0871
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.157
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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