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- PDB-1ibw: STRUCTURE OF THE D53,54N MUTANT OF HISTIDINE DECARBOXYLASE BOUND ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ibw
タイトルSTRUCTURE OF THE D53,54N MUTANT OF HISTIDINE DECARBOXYLASE BOUND WITH HISTIDINE METHYL ESTER AT 25 C
要素
  • HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
  • Histidine decarboxylase alpha chain
キーワードLYASE / SUBSTRATE-INDUCED ACTIVATION / ACTIVE FORM / SITE-DIRECTED MUTANT / PYRUVOYL / CARBOXY-LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine decarboxylase / histidine decarboxylase activity / L-histidine metabolic process / amino acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas; Chain A / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas, subunit A / Histidine decarboxylase proenzyme / Histidine decarboxylase proenzyme, N-terminal / Histidine carboxylase PI chain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase, subunit B / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase, 3-layer sandwich domain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase; Chain B / 3-Layer(bba) Sandwich ...Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas; Chain A / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylas, subunit A / Histidine decarboxylase proenzyme / Histidine decarboxylase proenzyme, N-terminal / Histidine carboxylase PI chain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase, subunit B / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase, 3-layer sandwich domain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase; Chain B / 3-Layer(bba) Sandwich / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE-METHYL-ESTER / Histidine decarboxylase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus sp. 30A (乳酸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Worley, S. / Schelp, E. / Monzingo, A.F. / Ernst, S. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: Structure and cooperativity of a T-state mutant of histidine decarboxylase from Lactobacillus 30a.
著者: Worley, S. / Schelp, E. / Monzingo, A.F. / Ernst, S. / Robertus, J.D.
履歴
登録2001年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 3.02024年2月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
B: Histidine decarboxylase alpha chain
C: HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
D: Histidine decarboxylase alpha chain
E: HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
F: Histidine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9139
ポリマ－102,4036
非ポリマー5113
水00
1
A: HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
B: Histidine decarboxylase alpha chain
C: HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
D: Histidine decarboxylase alpha chain
E: HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
F: Histidine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子

A: HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
B: Histidine decarboxylase alpha chain
C: HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
D: Histidine decarboxylase alpha chain
E: HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
F: Histidine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,82718
ポリマ－204,80512
非ポリマー1,0216
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)97.017, 117.768, 205.789
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a hexamer generated by applying a crystallographic two-fold to the trimer in the asymmetric unit: -x, y, -z + 1/2

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要素

#1: タンパク質 HISTIDINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN


分子量: 8848.862 Da / 分子数: 3 / 断片: BETA CHAIN (RESIDUES 1-81) / 変異: D53N, D54N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus sp. 30A (乳酸菌) / 株: 30A / 遺伝子: HDCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00862, histidine decarboxylase
#2: タンパク質 Histidine decarboxylase alpha chain


分子量: 25285.375 Da / 分子数: 3 / 断片: ALPHA CHAIN (RESIDUES 82-310) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus sp. 30A (乳酸菌) / 株: 30A / 遺伝子: hdcA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00862
#3: 化合物 ChemComp-PVH / HISTIDINE-METHYL-ESTER


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 170.189 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12N3O2 / コメント: 阻害剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 400, PEG 4000, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
20-15 %PEG4001reservoir
34-8 %PEG40001reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月21日
放射モノクロメーター: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS (NI & PT) + NI FILTER
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 15945 / Num. obs: 15945 / % possible obs: 80.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 66.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / % possible all: 84.8
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 1.8 %
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PYA

1pya


解像度: 3.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.269 1447 RANDOM
Rwork0.2044 --
obs0.21086 14294 -
all-15928 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7175 0 48 0 7223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.42
精密化
*PLUS
σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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