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- PDB-1iau: HUMAN GRANZYME B IN COMPLEX WITH AC-IEPD-CHO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iau
タイトルHUMAN GRANZYME B IN COMPLEX WITH AC-IEPD-CHO
要素
  • GRANZYME B
  • acetyl-isoleucyl-glutamyl-prolyl-aspartyl-aldehyde peptide INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolytic granule lumen / granzyme B / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / natural killer cell mediated cytotoxicity / pyroptotic inflammatory response / immunological synapse ...cytolytic granule lumen / granzyme B / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / natural killer cell mediated cytotoxicity / pyroptotic inflammatory response / immunological synapse / Pyroptosis / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / serine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / protein maturation / killing of cells of another organism / negative regulation of translation / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / extracellular space / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-L-isoleucyl-L-alpha-glutamyl-N-[(1S)-2-carboxy-1-formylethyl]-L-prolinamide / Granzyme B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rotonda, J. / Garcia-Calvo, M. / Bull, H.G. / Geissler, W.M. / McKeever, B.M. / Willoughby, C.A. / Thornberry, N.A. / Becker, J.W.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2001
タイトル: The three-dimensional structure of human granzyme B compared to caspase-3, key mediators of cell death with cleavage specificity for aspartic acid in P1.
著者: Rotonda, J. / Garcia-Calvo, M. / Bull, H.G. / Geissler, W.M. / McKeever, B.M. / Willoughby, C.A. / Thornberry, N.A. / Becker, J.W.
履歴
登録2001年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年4月4日Group: Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRANZYME B
B: acetyl-isoleucyl-glutamyl-prolyl-aspartyl-aldehyde peptide INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7139
ポリマ－26,0672
非ポリマー1,6467
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.873, 75.081, 80.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GRANZYME B


分子量: 25582.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10144, granzyme B
#2: タンパク質・ペプチド acetyl-isoleucyl-glutamyl-prolyl-aspartyl-aldehyde peptide INHIBITOR / ACE-ILE-GLU-PRO-ASP-CHO


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 484.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
参照: N-acetyl-L-isoleucyl-L-alpha-glutamyl-N-[(1S)-2-carboxy-1-formylethyl]-L-prolinamide

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1098.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[DManpb1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-1-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c4-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 63分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THERE IS A COVALENT BOND BETWEEN ATOM OG OF SER195A AND ATOM C OF ASJ405B, FORMING A HEMIACETAL
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERS FOR CHAIN A ARE NOT SEQUENTIAL. THE NUMBERING SCHEME IS BASED ON THE FAMILY OF ...THE RESIDUE NUMBERS FOR CHAIN A ARE NOT SEQUENTIAL. THE NUMBERING SCHEME IS BASED ON THE FAMILY OF SERINE PROTEASES AND IS BASED ON THE ZYMOGEN CHYMOTRYPSINOGEN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.5 UL DROPS OF PROTEIN-INHIBITOR SOLUTION (12.2 MG/ML IN 20 MM TRIS-HCL PH 8.0, 200 MM NACL) WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT SOLUTION (25% PEG MONOMETHYLETHER-550 (V/V), 0.10 ...詳細: 0.5 UL DROPS OF PROTEIN-INHIBITOR SOLUTION (12.2 MG/ML IN 20 MM TRIS-HCL PH 8.0, 200 MM NACL) WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT SOLUTION (25% PEG MONOMETHYLETHER-550 (V/V), 0.10 M MES PH 6.5, 10 MM ZNSO(4), 12 MM ZNCL(2)) AND INCUBATED AT ROOM TEMPERATURE OVER A RESERVOIR OF 24% W/V PEG-3350, 12.8% V/V PEG MME-550, 50 MM MES PH 6.5, 5 MM ZNSO(4), AND 6 MM ZNCL(2).
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal amounts of protein and precipitant solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112.2 mg/mlprotein1drop
220 mmTris-HCl1drop
3200 mM1dropNaCl
425 %(v/v)mPEG5501dropprecipitant
50.1 MMES1dropprecipitant
610 mM1dropZnSO4precipitant
712 mM1dropZnCl2precipitant
824 %(w/v)PEG33501reservoir
912.8 %(v/v)mPEG5501reservoir
1050 mMMES1reservoir
115 mM1reservoirZnSO4
126 mM1reservoirZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月6日 / 詳細: NON-FOCUSING
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.9 Å / Num. obs: 19956 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.67 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / % possible all: 88.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 163991
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNX精密化
HKL-2000データ削減
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CATHEPSIN G (PDB ENTRY 1CGH)

1cgh


解像度: 2→19.9 Å / 交差検証法: FREE-R
詳細: RESIDUE 245 IS MISSING IN THE ELECTRON DENSITY. SHELX WAS ALSO USED FOR THE FINAL REFINEMENT TO MODEL DISORDER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 2027 10.2 %RANDOM
Rwork0.2391 ---
obs-19942 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2793 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1815 0 93 58 1966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg0.025
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.998→2.092 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.33 2340 -
obs--89.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNX / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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