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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iac | ||||||
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タイトル | REFINED 1.8 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF ASTACIN, A ZINC-ENDOPEPTIDASE FROM THE CRAYFISH ASTACUS ASTACUS L. STRUCTURE DETERMINATION, REFINEMENT, MOLECULAR STRUCTURE AND COMPARISON WITH THERMOLYSIN | ||||||
![]() | ASTACIN | ||||||
![]() | ZINC ENDOPEPTIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / fertilization / metalloendopeptidase activity / peptidase activity ...astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / fertilization / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / cell adhesion / proteolysis / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Gomis-Rueth, F.-X. / Stoecker, W. / Bode, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined 1.8 A X-ray crystal structure of astacin, a zinc-endopeptidase from the crayfish Astacus astacus L. Structure determination, refinement, molecular structure and comparison with thermolysin. 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Stocker, W. / Huber, R. / Zwilling, R. / Bode, W. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures, Spectroscopic Features, and Catalytic Properties of Cobalt(II), Copper(II), Nickel(II), and Mercury(II) Derivatives of the Zinc Endopeptidase Astacin. A Correlation ...タイトル: Crystal Structures, Spectroscopic Features, and Catalytic Properties of Cobalt(II), Copper(II), Nickel(II), and Mercury(II) Derivatives of the Zinc Endopeptidase Astacin. A Correlation of Structure and Proteolytic Activity 著者: Gomis-Rueth, F.-X. / Grams, F. / Yiallouros, I. / Nar, H. / Kuesthardt, U. / Zwilling, R. / Bode, W. / Stoecker, W. #2: ![]() タイトル: Astacins, Serralysins, Snake Venom and Matrix Metalloproteinases Exhibit Identical Zinc-Binding Environments (Hexxhxxgxxh and met-Turn) and Topologies and Should be Grouped Into a ...タイトル: Astacins, Serralysins, Snake Venom and Matrix Metalloproteinases Exhibit Identical Zinc-Binding Environments (Hexxhxxgxxh and met-Turn) and Topologies and Should be Grouped Into a Common Family, the 'Metzincins' 著者: Bode, W. / Gomis-Rueth, F.-X. / Stoecker, W. #3: ![]() タイトル: Structure of Astacin and Implications for Activation of Astacins and Zinc-Ligation of Collagenases 著者: Bode, W. / Gomis-Rueth, F.X. / Huber, R. / Zwilling, R. / Stoecker, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 365.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 366.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22617.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 10213 / % possible obs: 98.57 % / Num. measured all: 27702 / Rmerge(I) obs: 0.0847 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.13 Å / % possible obs: 46.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→10 Å / Rfactor Rwork: 0.16 / Rfactor obs: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 10039 / Rfactor obs: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.271 |