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- PDB-1i9v: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A TRNA-NEOMYCIN COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i9v
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A TRNA-NEOMYCIN COMPLEX
要素PHENYLALANINE TRANSFER RNA
キーワードRNA / AMINO-ACID TRANSPORT / YEAST / PHE-TRNA / PHENYLALANINE / TRANSFER RNA / AMINOGLYCOSIDE / NEOMYCIN B
機能・相同性NEOMYCIN / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mikkelsen, N.E. / Johansson, K. / Virtanen, A. / Kirsebom, L.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Aminoglycoside binding displaces a divalent metal ion in a tRNA-neomycin B complex.
著者: Mikkelsen, N.E. / Johansson, K. / Virtanen, A. / Kirsebom, L.A.
履歴
登録2001年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHENYLALANINE TRANSFER RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4455
ポリマ－24,7581
非ポリマー6884
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.900, 32.900, 63.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 PHENYLALANINE TRANSFER RNA


分子量: 24757.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 176479
#2: 化合物 ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN / ネオマイシンB


分子量: 614.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: MgCl, MPD, Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl11
2MPD11
3Cacodylate11
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 6 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 %MPD1reservoir
280 mMsodium cacodylate1reservoir
340 mM1reservoirMgCl2
425 mg/mlprotein1drop
52 mM1dropMgCl2
610 mMneomycin B1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.104 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.104 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 6515 / Num. obs: 6515 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 69.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.65 Å / % possible obs: 76 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6TNA

6tna


解像度: 2.6→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: Parkinson, Vojtechovsky, Clowney, Brunger, Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 304 -RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.2297 6515 --
obs0.2297 6515 90.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1631 45 32 1708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0108
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.65 Å / % reflection obs: 75.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 48 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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