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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i95 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUS THERMOPHILUS IN COMPLEX WITH EDEINE | ||||||
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![]() | RIBOSOME / 30S ribosome / antibiotics / edeine | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pioletti, M. / Schluenzen, F. / Harms, J. / Zarivach, R. / Gluehmann, M. / Avila, H. / Bartels, H. / Jacobi, C. / Hartsch, T. / Yonath, A. / Franceschi, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3. 著者: Pioletti, M. / Schlunzen, F. / Harms, J. / Zarivach, R. / Gluhmann, M. / Avila, H. / Bashan, A. / Bartels, H. / Auerbach, T. / Jacobi, C. / Hartsch, T. / Yonath, A. / Franceschi, F. #1: ![]() タイトル: Structure of Functionally Activated Small Ribosomal Subunit at 3.3 A Resolution 著者: Schluenzen, F. / Tocilj, A. / Zarivach, R. / Harms, J. / Gluehmann, M. / Janell, D. / Bashan, A. / Bartels, H. / Agmon, I. / Franceschi, F. / Yonath, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 859.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 641.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 624.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 743.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 77.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#1: RNA鎖 | 分子量: 491510.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: タンパク質 | 分子量: 29186.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26619.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 17452.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 15886.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 11823.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 13606.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 14506.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 14207.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 12144.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 10113.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 10474.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 11604.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 92分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/WO2.gif)
![](data/chem/img/EDE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/WO2.gif)
![](data/chem/img/EDE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#22: 化合物 | ChemComp-MG / #23: 化合物 | ChemComp-WO2 / #24: 化合物 | ChemComp-EDE / | #25: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.44 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: MPD, magnesium chloride, spermidine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 詳細: or 19 degrees centigrade | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 85 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月1日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111) double crystal monochromator, Si(222) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.5→35 Å / Num. all: 66468 / Num. obs: 66468 / % possible obs: 76.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 4.5→4.58 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 68.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→35 Å
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