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- PDB-1i81: CRYSTAL STRUCTURE OF A HEPTAMERIC LSM PROTEIN FROM METHANOBACTERI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i81
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A HEPTAMERIC LSM PROTEIN FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM
要素PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / Curved anti-parallel beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


Sm-like protein family complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. ...snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative snRNP Sm-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Collins, B.M. / Harrop, S.J. / Kornfeld, G.D. / Dawes, I.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a heptameric Sm-like protein complex from archaea: implications for the structure and evolution of snRNPs.
著者: Collins, B.M. / Harrop, S.J. / Kornfeld, G.D. / Dawes, I.W. / Curmi, P.M. / Mabbutt, B.C.
履歴
登録2001年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
B: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
C: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
D: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
E: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
F: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN
G: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2917
ポリマ－64,2917
非ポリマー00
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11680 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.380, 71.940, 94.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量: 9184.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: MT0649 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (AMERSHAM PHARMACIA BIOTECH) / 参照: UniProt: O26745
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris PEG3350 Lithium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris-HCl1reservoir
216 %(v/v)PEG33501reservoir
30.25 Mlithium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月1日 / 詳細: Focusing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. all: 119267 / Num. obs: 119267 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 20.7
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. obs: 35595 / % possible obs: 98.2 % / Num. measured all: 119267
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 85.6 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model constructed from 1B34

1b34


解像度: 2→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2571 2595 random
Rwork0.2176 --
all-34516 -
obs-34516 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4022 0 0 155 4177
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.218 / % reflection Rfree: 7.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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