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- PDB-1i7o: CRYSTAL STRUCTURE OF HPCE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7o
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HPCE
要素4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
キーワードISOMERASE / LYASE / bifunctional enzyme / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase / 5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase activity / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase / 4-hydroxyphenylacetate catabolic process / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxyphenylacetate degradation bifunctional isomerase/decarboxylase, N-terminal subunit / 4-hydroxyphenylacetate degradation bifunctional isomerase/decarboxylase, C-terminal subunit / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Homoprotocatechuate catabolism bifunctional isomerase/decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tame, J.R.H. / Namba, K. / Dodson, E.J. / Roper, D.I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of HpcE, a multi-functional enzyme fold
著者: Tame, J.R.H. / Namba, K. / Dodson, E.J. / Roper, D.I.
履歴
登録2001年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,7778
ポリマ－188,6174
非ポリマー1604
水12,034668
1
A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1942
ポリマ－47,1541
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1942
ポリマ－47,1541
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1942
ポリマ－47,1541
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1942
ポリマ－47,1541
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.084, 138.201, 103.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE


分子量: 47154.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37352, 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase, 5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: monomethylether PEG2000, calcium chloride, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 1:1 ratio
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
215 %mPEG20001reservoir
3200 mM1reservoirCaCl2
450 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→15 Å / Num. all: 198751 / Num. obs: 196319 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
最低解像度: 91.2 Å / % possible obs: 98.5 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 9927 5.1 %RANDOM
Rwork0.2513 ---
all0.2527 198751 --
obs0.2527 186392 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12947 0 4 668 13619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.1091.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.8412
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.7373
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.2234.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 91.2 Å / Num. reflection obs: 186453 / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.2155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.8511.964

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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