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- PDB-1i6u: RNA-PROTEIN INTERACTIONS: THE CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i6u
タイトルRNA-PROTEIN INTERACTIONS: THE CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN S8/RRNA COMPLEX FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII
要素
  • 16S RRNA FRAGMENT
  • 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8P
キーワードRIBOSOME / protein-RNA interactions / ribosomal protein S8 / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / 30S ribosomal protein S8
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tishchenko, S. / Nikulin, A. / Fomenkova, N. / Nevskaya, N. / Nikonov, O. / Dumas, P. / Moine, H. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Piendl, W. ...Tishchenko, S. / Nikulin, A. / Fomenkova, N. / Nevskaya, N. / Nikonov, O. / Dumas, P. / Moine, H. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Piendl, W. / Lamzin, V. / Garber, M. / Nikonov, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Detailed analysis of RNA-protein interactions within the ribosomal protein S8-rRNA complex from the archaeon Methanococcus jannaschii.
著者: Tishchenko, S. / Nikulin, A. / Fomenkova, N. / Nevskaya, N. / Nikonov, O. / Dumas, P. / Moine, H. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Piendl, W. / Lamzin, V. / Garber, M. / Nikonov, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of ribosomal protein S8 from Thermus thermophilus reveals a high degree of structural conservation of a specific RNA binding site.
著者: Nevskaya, N. / Tishchenko, S. / Nikulin, A. / al-Karadaghi, S. / Liljas, A. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Garber, M. / Nikonov, S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: NMR structure determination of the binding site for ribosomal protein S8 from Escherichia coli 16 S rRNA
著者: Kalurachci, K. / Nikonowicz, E.P.
履歴
登録2001年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 16S RRNA FRAGMENT
D: 16S RRNA FRAGMENT
A: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8P
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6618
ポリマ－53,2764
非ポリマー3844
水3,873215
1
C: 16S RRNA FRAGMENT
A: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7343
ポリマ－26,6382
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 16S RRNA FRAGMENT
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9265
ポリマ－26,6382
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.687, 121.687, 137.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: RNA鎖 16S RRNA FRAGMENT


分子量: 11894.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The rRNA fragment was obtained by transcription from synthetic DNA template using T7 RNA polymerase.
#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8P


分子量: 14744.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJAS8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P54041
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulphate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulphate11
2sodium cacodylate11
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13 mg/mlRNA1drop
23.5 mg/mlprotein1drop
32.8 Mammonium sulfate1drop
4100 mMsodium cacodylate1drop
52.2 Mammonium sulfate1reservoir
6100 mMsodium cacodylate1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
31101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM30A10.97624,0.97933,0.97948
シンクロトロンESRF BM30A20.97949,0.97921,0.97435
シンクロトロンEMBL/DESY, Hamburg X1130.91
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2000年5月17日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE2000年6月20日
MARRESEARCH3CCD2000年6月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)MADMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
3Double crystal focussing monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976241
20.979331
30.979481
40.979491
50.979211
60.974351
70.911
反射解像度: 2.57→41.07 Å / Num. all: 30271 / Num. obs: 30271 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 64.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.57→2.71 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / % possible all: 82.5
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→41.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1361993.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1415 4.8 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 29179 89.9 %-
all-29396 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.43 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.77 Å20 Å20 Å2
2--3.77 Å20 Å2
3----7.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 1580 20 215 3843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.362.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 236 5.3 %
Rwork0.343 4253 -
obs--84.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4.8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.379 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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