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万見
- PDB-1i6h: RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i6h
タイトルRNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX
要素
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II ...) x 10
  • 5'-D(P*AP*AP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*T)-3'
  • 5'-R(P*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*A)-3'
キーワードTRANSCRIPTION/DNA-RNA HYBRID / TRANSCRIPTION / MRNA / MULTIPROTEIN COMPLEX / MOLECULAR MACHINE / DNA / TRANSCRIPTION-DNA-RNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA-RNA HYBRID complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / : / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / transcription by RNA polymerase III / translesion synthesis / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / : / : / : / : / : / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / peroxisome / ribosome biogenesis / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase ii / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit ...RNA polymerase ii / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Enzyme I; Chain A, domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Homeodomain-like / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gnatt, A.L. / Cramer, P. / Kornberg, R.D.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Structural basis of transcription: an RNA polymerase II elongation complex at 3.3 A resolution.
著者: Gnatt, A.L. / Cramer, P. / Fu, J. / Bushnell, D.A. / Kornberg, R.D.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Structural Basis of Transcription: RNA Polymerase II at 2.8 A Resolution
著者: Cramer, P. / Bushnell, D.A. / Kornberg, R.D.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Architecture of RNA Polymerase II and Implications for the Transcription Mechanism
著者: Cramer, P. / Bushnell, D.A. / Fu, J. / Gnatt, A.L. / Maier-Davis, B. / Thompson, N.E. / Burgess, R.R. / Edwards, A.M. / David, P.R. / Kornberg, R.D.
履歴
登録2001年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX REMOVAL OF THE SECONDARY STRUCTURE WAS REQUESTED BY THE AUTHOR. Secondary structure was ...HELIX REMOVAL OF THE SECONDARY STRUCTURE WAS REQUESTED BY THE AUTHOR. Secondary structure was assigned by visual inspection, see reference 1.
Remark 700SHEET REMOVAL OF THE SECONDARY STRUCTURE WAS REQUESTED BY THE AUTHOR. Secondary structure was ...SHEET REMOVAL OF THE SECONDARY STRUCTURE WAS REQUESTED BY THE AUTHOR. Secondary structure was assigned by visual inspection, see reference 1.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(P*AP*AP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*T)-3'
R: 5'-R(P*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*A)-3'
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II LARGEST SUBUNIT
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 140KD POLYPEPTIDE
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 45KD POLYPEPTIDE
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 27KD POLYPEPTIDE
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 23KD POLYPEPTIDE
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 14.5KD POLYPEPTIDE
I: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 14.2KD POLYPEPTIDE
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 8.3KD POLYPEPTIDE
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 13.6KD POLYPEPTIDE
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 7.7KD POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,03421
ポリマ－476,48612
非ポリマー5489
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.300, 220.700, 191.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II ... , 10種, 10分子 ABCEFHIJKL

#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II LARGEST SUBUNIT / RPB1


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 140KD POLYPEPTIDE / RPB2


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 45KD POLYPEPTIDE / RPB3


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P16370, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 27KD POLYPEPTIDE / RPB5


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20434, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 23KD POLYPEPTIDE / RPB6


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20435, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 14.5KD POLYPEPTIDE / RPB8


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20436, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 14.2KD POLYPEPTIDE / RPB9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P27999, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 8.3KD POLYPEPTIDE / RPB10


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P22139, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 13.6KD POLYPEPTIDE / RPB11


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P38902, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 7.7KD POLYPEPTIDE / RPB12


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P40422, DNA-directed RNA polymerase

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DNA鎖 / RNA鎖 , 2種, 2分子 DR

#1: DNA鎖 5'-D(P*AP*AP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*T)-3'


分子量: 3966.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEMPLATE
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖 5'-R(P*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*A)-3'


分子量: 2893.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The RNA was synthesized by the polymerase before the crystal was formed.

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非ポリマー , 2種, 9分子

#13: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.37 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE11
3SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE11
4DIOXANE11
5DTT11
結晶化
*PLUS
pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMdioxane1reservoir
210 mMdithiothreitol1reservoir
3390 mM1reservoir(NH4)2HPO4/NaH2PO4
4PEG60001reservoir
55-8 mgprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.998
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 96867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.111
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.317 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I3Q

1i3q


解像度: 3.3→40 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 9720 10 %RANDOM
Rwork0.25 ---
all-96907 --
obs-87187 --
原子変位パラメータBiso mean: 63.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--41.702 Å210.558 Å218.922 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27958 463 9 0 28430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.54717
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008791
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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