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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i6a | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXIDIZED FORM OF OXYR | ||||||
要素 | HYDROGEN PEROXIDE-INDUCIBLE GENES ACTIVATOR | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / OxyR regulatory domain / oxidized form | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to nitrosative stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / response to oxidative stress / DNA-binding transcription factor activity / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Choi, H. / Kim, S. / Ryu, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001 タイトル: Structural basis of the redox switch in the OxyR transcription factor. 著者: Choi, H. / Kim, S. / Mukhopadhyay, P. / Cho, S. / Woo, J. / Storz, G. / Ryu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i6a.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i6a.ent.gz | 39.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i6a_validation.pdf.gz | 424.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i6a_full_validation.pdf.gz | 427 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i6a_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i6a_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/1i6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/1i6a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24394.307 Da / 分子数: 1 / 断片: REGULATORY DOMAIN / 変異: C143A, C180A, C259A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0ACQ4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 9049 / Rsym value: 0.064 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: reduced form of OxyR 解像度: 2.3→100 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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