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- PDB-1i4s: CRYSTAL STRUCTURE OF RNASE III ENDONUCLEASE DOMAIN FROM AQUIFEX A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i4s
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RNASE III ENDONUCLEASE DOMAIN FROM AQUIFEX AEOLICUS AT 2.15 ANGSTROM RESOLUTION
要素RIBONUCLEASE III
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE / RNASE III / DOUBLE-STRANDED RNA / CATALYTIC DOMAIN / ENDONUCLEASE DOMAIN / ENDONUCLEOLYTIC CLEAVAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III / ribonuclease III activity / tRNA processing / RNA processing / mRNA processing / rRNA processing / double-stranded RNA binding / regulation of gene expression / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease III / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif ...Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease III / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Ji, X.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystallographic and modeling studies of RNase III suggest a mechanism for double-stranded RNA cleavage.
著者: Blaszczyk, J. / Tropea, J.E. / Bubunenko, M. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S. / Court, D.L. / Ji, X.
履歴
登録2001年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE III
B: RIBONUCLEASE III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5542
ポリマ－34,5542
非ポリマー00
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.157, 51.188, 123.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE III / RNASE III


分子量: 17277.078 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL ENDONUCLEASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: PKM803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67082, ribonuclease III
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.011 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.34 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, TRIS-HCL, ACETATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98789, 1.01000, 1.03473, 1.04008
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月3日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.987891
21.011
31.034731
41.040081
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 16542 / Num. obs: 16542 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.161 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 23.376
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.025 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.258 / Num. unique all: 1621 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→30 Å / Num. parameters: 9323 / Num. restraintsaints: 10091 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: LEAST-SQUARES REFINEMENT USING THE KONNERT-HENDRICKSON CONJUGATE-GRADIENT ALGORITHM
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 --RANDOM
Rwork0.2119 ---
obs0.2075 13894 94.8 %-
all-15686 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1975) 201-228
原子変位パラメータBiso mean: 54.404 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.263 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2696
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2444 0 0 252 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.051
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.083
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.15-2.250.292X-RAY DIFFRACTION1712
2.25-2.350.278X-RAY DIFFRACTION1439
2.35-2.480.257X-RAY DIFFRACTION1640
2.48-2.660.217X-RAY DIFFRACTION1520
2.66-2.860.2X-RAY DIFFRACTION1619
2.86-3.110.191X-RAY DIFFRACTION1488
3.11-3.50.197X-RAY DIFFRACTION1618
3.5-4.130.18X-RAY DIFFRACTION1559
4.13-6.580.188X-RAY DIFFRACTION1529
6.58-300.288X-RAY DIFFRACTION563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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